Prostaglandine-analogen zoals misoprostol worden gebruikt bij de behandeling van duodenale en maagzweren. Misoprostol en andere prostaglandine-analogen beschermen de bekleding van het maagdarmkanaal tegen schadelijk maagzuur en zijn met name geïndiceerd voor ouderen die continu NSAID’s gebruiken.
In de oogheelkunde worden geneesmiddelen uit deze klasse gebruikt om de intraoculaire druk (IOP) bij mensen met glaucoom te verlagen. Tot het eind van de jaren zeventig werd gedacht dat prostaglandinen de IOP verhoogden, maar uit een in 1977 gepubliceerd artikel bleek dat prostaglandine F2α de IOP verlaagde, en uit latere studies bleek dat dit te danken was aan een verhoogde uitstroom van kamerwater, hoofdzakelijk door ontspanning van de ciliaire spier, en mogelijk ook aan veranderingen in de extracellulaire matrix en aan de verwijding van ruimten binnen het trabeculaire gaaswerk. Dit werk heeft geleid tot de ontwikkeling van prodrugs van PGF2α, waaronder latanoprost, een isopropyl-analoog van PGF2α, door de FDA goedgekeurd in 1996, bimatoprost en travoprost, beide goedgekeurd in 2001, en tafluprost, goedgekeurd in 2012. Er zijn echter opmerkelijke bijwerkingen geassocieerd met gebruik, waaronder verhoogde wimpergroei, pigmentatie van de iris, en donker worden van de huid rond het oog.