Analogi prostaglandyny takie jak mizoprostol są stosowane w leczeniu wrzodów dwunastnicy i żołądka. Mizoprostol i inne analogi prostaglandyn chronią wyściółkę przewodu pokarmowego przed szkodliwym działaniem kwasu żołądkowego i są szczególnie wskazane dla osób starszych na ciągłych dawkach NLPZ.
W dziedzinie okulistyki, leki tej klasy są stosowane w celu obniżenia ciśnienia wewnątrzgałkowego (IOP) u osób z jaskrą. Do późnych lat 70. uważano, że prostaglandyny podnoszą IOP, ale praca opublikowana w 1977 r. wykazała, że prostaglandyna F2α obniża je, a kolejne badania wykazały, że jest to spowodowane zwiększeniem odpływu cieczy wodnistej, głównie poprzez rozluźnienie mięśnia rzęskowego, a być może także zmianami w macierzy zewnątrzkomórkowej i poszerzeniem przestrzeni w obrębie siateczki beleczkowej. Prace te doprowadziły do opracowania proleków PGF2α, w tym latanoprostu, izopropylowego analogu PGF2α, zatwierdzonego przez FDA w 1996 roku, bimatoprostu i travoprostu, obu zatwierdzonych w 2001 roku, oraz tafluprostu, zatwierdzonego w 2012 roku. Jednakże, istnieją znaczące efekty uboczne związane z użyciem, w tym zwiększony wzrost rzęs, pigmentacja tęczówki i ciemnienie skóry wokół oka.
.