Charles Darwin urodził się 12 lutego 1809 roku. Powiązania jego ojca i dobrze płatna praca lekarza, a także powiązania matki z rodziną Wedgwood, umiejscowiły rodzinę Darwinów bezpiecznie w sferze liberalnej i zamożnej. Robert Darwin miał czterdzieści trzy lata, kiedy urodził się Karol, u szczytu swojej reputacji i energii jako lekarz. Karol miał już czworo starszego rodzeństwa: Marianne, Caroline, Susan i jego brata Erasmusa. Z szkarlatyną i innymi chorobami w powietrzu, głównym zmartwieniem domu było zdrowie i wzrost dzieci. Susannah był odpowiedzialny ofthe domu, dzieci, i finansów, podczas gdy Robert occupied himselfwith jego patients.
Charles spędził swoje wczesne lata w domu o nazwie The Mountin Shrewsbury, który Robert miał zbudowany w pierwszych latach jego małżeństwa z Susannah. Wydaje się, że był cichym, samotnym dzieckiem; nie miał wielkich trudności w nawiązywaniu przyjaźni, ale jego najlepsze czasy były spędzane na odkrywczych spacerach, na których zbierał wszystko, co mógł znaleźć.
Matka Charlesa zmarła, gdy miał tylko 8 lat. W 1817 roku zaczęła chorować, z objawami żołądkowo-jelitowymi, które prawdopodobnie były oznaką albo poważnego wrzodu lub raka żołądka. Zmarła w czwartek, 15 lipca 1817 roku. Robert poświęcił się jeszcze bardziej niż wcześniej swojej praktyce lekarskiej, pozostawiając gospodarstwo domowe, które prowadziły głównie jego starsze córki Marianne i Caroline.Robert zawsze był ogromną obecnością w domu, kiedy wracał z pracy pod koniec dnia, ale było to do zniesienia, dopóki jego nastrój był dobry. Teraz jednak był prawie zawsze rozdrażniony i przygnębiony. Dom pozostawał wygodny i zadbany, ale ponury. W późniejszych opisach swojego dzieciństwa, Charles napisał, że pamiętał bardzo mało o swojej matce, zwłaszcza, że jego siostry zabroniły mu o niej mówić.
Charles patrzył na swoje siostry jako nauczycieli. Szkoła dla Darwina nigdy nie była rzeczą radosną. Najpierw uczyła go Caroline, a potem spędził rok w szkole dziennej w Shrewsbury. Stamtąd w wieku 8 lat został wysłany do Shrewsbury School, oddalonej o około milę od TheMount. Shrewsbury School była szkołą z internatem prowadzoną przez starszego Samuela Butlera, która skupiała się prawie wyłącznie na klasyce, czyli przedmiotach, które Darwin uważał za prawie bezużyteczne. Jego brak zainteresowania szkołą sprawił, że rodzice zaczęli się martwić, że nie odziedziczył on odpowiedniej części energii i inteligencji Darwina. Pod koniec nauki nadrobił nieco swoje mierne wyniki, przeprowadzając eksperymenty ze starszym bratem Erasmusem w szopie na tyłach The Mount. Eksperymenty prowadzili od 1822 roku do czasu, gdy Erasmus wyruszył do Christ’s College na Uniwersytecie Cambridge, by studiować medycynę. Darwin patrzył później na to doświadczenie jako na nieocenione wprowadzenie do eksperymentów naukowych.
Jak Darwin dorastał, kolekcjonowanie stało się jego głównym hobby.Zbierał minerały i owady. Stał się również obserwatorem ptaków i lubił polować. Później, w latach edynburskich, jego pasja do polowań stała się tak wielka, że jego ojciec obawiał się, iż stanie się on „próżnym myśliwym”. Po zabiciu swojego pierwszego bekasa, napisał „moje podniecenie było tak wielkie, że miałem wiele trudności w przeładowaniu mojej broni z powodu drżenia rąk”. Polowanie łączyło w sobie radość zbieractwa z dreszczykiem emocji pościgu. Była to umiejętność, która przydała się w późniejszym życiu. Długie, samotne spacery Charlesa zaczęły przeradzać się w jeszcze dłuższe przygody. Hetravled niektóre z jego starszy brat Erasmus, do Walii i na wizyty do kuzynów Wedgwood w Maer.
W wieku szesnastu lat, Charles został wzięty na bok przez jego ojca Roberta i powiedział, że nadszedł czas, aby zrobić coś z siebie. Poszedłby na Uniwersytet w Edynburgu, gdzie jego dziadek i dziadek szkolili się na lekarzy. Jego bratErasmus, który studiował medycynę na Uniwersytecie w Cambridge, dołączy do niego.