Pomiędzy Marcinem Lutrem a Rzymem nie było żadnych kontrowersji dotyczących natchnienia Pisma Świętego. W rzeczywistości wiele z dzisiejszych głównych nauk biblijnych i teologicznych kościoła protestanckiego i rzymskokatolickiego zostałoby uznanych przez średniowieczny kościół za apostatów, jeśli chodzi o ich pogląd na Pismo Święte. Obie strony utrzymywały, że Pismo Święte jest inercyjne. Sobór Trydencki (potępiając stanowiska Reformacji) posunął się tak daleko, że stwierdził, iż Duch Święty „podyktował” Apostołom same słowa.
Prawdziwe pytanie dotyczyło relacji natchnionego Pisma Świętego do tradycji. Innymi słowy, czy tylko Pismo jest natchnionym i nieomylnym Słowem Bożym, źródłem i normą dla wiary i praktyki? Czy papież może naprawdę powiedzieć, że jego słowa są równe słowom Piotra i Pawła, które znajdujemy w Piśmie Świętym? Czy sobory są nieomylne w taki sam sposób jak Pismo Święte? Sobór Trydencki argumentował, że Pismo Święte i tradycja to dwa strumienie, które tworzą jedną rzekę Słowa Bożego. Słowo to składa się nie tylko z „ksiąg pisanych”, ale także z „niepisanych tradycji”, które, oczywiście, ma przywilej ustalać rzymski papież. Tak więc, zarówno Pismo Święte jak i te tradycje Kościół „przyjmuje i czci z równym uczuciem pobożności i szacunku”, jako że oba zostały „zachowane w Kościele Katolickim przez nieprzerwaną sukcesję”.”
Więc, cokolwiek papież naucza lub nakazuje ex cathedra (z katedry) – nawet jeśli nie jest to oparte na Piśmie Świętym – ma być wierzone przez wszystkich chrześcijan na całym świecie jako konieczne do zbawienia. Jak na ironię, obrona sola Scriptura przez Lutra została potępiona jako schizmatycka, ale starożytni ojcowie, zarówno na Wschodzie, jak i na Zachodzie, uznaliby pretensje biskupa rzymskiego za akt oddzielenia (schizmy) od wiary apostolskiej. Na długo przed reformacją wysoko cenieni teologowie twierdzili, że tylko Pismo Święte jest normatywne i że sobory jedynie interpretują Pismo Święte, a interpretacje te (które mogą być błędne i zmienione przez dalszą refleksję) mają być poddane przez samego papieża. Do czasu potępienia przez Sobór Trydencki nauczania reformacyjnego, była to kwestia otwarta. Luter nie był pierwszym, który opowiadał się za wyjątkową władzą Pisma Świętego nawet nad papieżem. Jednak po Soborze Trydenckim drzwi do sola Scriptura w wierze rzymskokatolickiej zostały zatrzaśnięte.
Problem Lutra z kościołem papieskim polegał na wypaczeniu wiary biblijnej przez dodanie niezliczonych doktryn, praktyk, rytuałów, sakramentów i ceremonii. Średniowieczni papieże coraz częściej twierdzili, że tylko oni są obdarzeni Duchem Świętym w taki sposób, że są zabezpieczeni przed błędem w swoich osądach. Oczywiście, idea ta nie znajdowała się w Piśmie Świętym ani w nauczaniu starożytnych ojców. Była to innowacja, która otworzyła bramę dla potoku nowości, argumentował Luter:
„Kiedy nauczanie papieża jest odróżniane od tego z Pisma Świętego lub jest z nim porównywane, staje się jasne, że w najlepszym przypadku nauczanie papieża zostało wzięte z cesarskich, pogańskich praw i jest nauczaniem dotyczącym świeckich transakcji i sądów, jak pokazują dekrety papieskie. Zgodnie z takim nauczaniem, udzielane są instrukcje dotyczące ceremonii w kościołach, szat liturgicznych, jedzenia, personelu i niezliczonych innych pomiotów, fantazji i głupstw, bez choćby wzmianki o Chrystusie, wierze i Bożych przykazaniach.”
Jak rozstrzygnąć między prawdą a błędem? Co zrobić, jeśli papież błądzi, jak w istocie oświadczyły niektóre średniowieczne sobory? Rzeczywiście, w XIV i na początku XV wieku doszło do rozłamu pomiędzy dwoma, a w końcu trzema rywalizującymi ze sobą papieżami, z których każdy rościł sobie prawo do tronu świętego Piotra i ekskomunikował pozostałych wraz z ich zwolennikami. Sobór w Konstancji zakończył tę tragikomedię, wybierając czwartego papieża, który zastąpił trzech pozostałych. Traktat Filipa Melanchtona o władzy i prymacie papieża opierał się na poglądach Lutra, łącząc w całość szereg obaleń z Pisma Świętego, a także z historii Kościoła, aby wykazać, na jakim fundamencie z piasku zbudowane jest papiestwo.
Dla Lutra pierwszą deską sola Scriptura jest natura Pisma Świętego. Jako bezpośrednie objawienie Ducha Świętego przez proroków i apostołów, Pismo Święte jest klasą samą w sobie. Charakter Boga jest zagrożony przez charakter Pisma. Dlaczego Pismo Święte jest inercyjne? „Ponieważ wiemy, że Bóg nie kłamie. Mój bliźni i ja – krótko mówiąc, wszyscy ludzie – możemy błądzić i zwodzić, ale Słowo Boże nie może błądzić”. Szanujemy ojców kościoła i starożytne sobory jako przewodników, ale tylko Bóg może ustanawiać artykuły wiary: „Nie będzie czynić artykułów wiary ze słów lub dzieł świętych Ojców. W przeciwnym razie to, co jedli, jak się ubierali i w jakich domach mieszkali, musiałoby stać się artykułami wiary – jak to się stało w przypadku relikwii. Oznacza to, że Słowo Boże powinno ustanawiać artykuły wiary i nikt inny, nawet anioł.”
Druga deska to jasność Pisma Świętego, która była naprawdę sednem sporu. Kościół średniowieczny nauczał, że Biblia jest księgą ciemną, tajemniczą i niejasną. Nic dziwnego – myślał Luter, patrząc wstecz na to, czego uczono go nawet jako mnicha i badacza Biblii. Ale po wielu latach studiowania i tłumaczenia Biblii doszedł do przeciwnego wniosku. Dzięki własnemu doświadczeniu Luter i inni reformatorzy przekonali się, że Pismo Święte jest jasne co do swoich głównych nauk. To kościół papieski raczej zaciemnia niż wyjaśnia. To właśnie najbardziej frustrowało Lutra w Erazmie: zdawał się on uważać, że Pismo Święte jest jasne co do tego, jak mamy żyć, ale niejasne w odniesieniu do najbardziej centralnych doktryn ewangelii.
W Wolności woli Erazm naprzemiennie ostro sprzeciwia się nauczaniu Lutra i biernie twierdzi, że takie doktryny jak predestynacja i wolna wola są niejasne w Piśmie Świętym i nieistotne dla codziennego życia. Erazm zdecydowanie bardziej wolał Orygenesa (obrońcę wolnej woli) od Augustyna. W rzeczywistości posunął się nawet do stwierdzenia, że w odniesieniu do stanowiska Augustyna w sprawie łaski i wolnej woli, „Jakież okno do bezbożności otworzyłoby publiczne ogłoszenie takiej opinii niezliczonym śmiertelnikom!”. „Ale jeśli jest tak krystalicznie czysta, to dlaczego tak wielu wybitnych ludzi w tak wielu wiekach było ślepych, i to w sprawie tak ważnej, jak te by się wydawały? Jeśli w Piśmie Świętym nie ma żadnych niejasności, to po co było potrzebne dzieło proroctwa za dni apostołów?” Ale kto zastąpił apostołów, pytał, zakładając oczywiście, że papież jest następcą Piotra.
Luther rozpoczyna swoją replikę, O zniewoleniu woli, od zmierzenia się z zaprzeczeniem Erazma dotyczącym jasności Pisma Świętego w jego centralnych naukach. Nie wszystko jest równie jasne w Piśmie, ale jeśli chodzi o wybór, wolną wolę i usprawiedliwienie, jego jasność jest przesłonięta jedynie przez ludzką (a zwłaszcza papieską) ignorancję. Nie obwiniaj słońca za swój brak wzroku, upominał. „Niech nędzni ludzie przestaną przypisywać, z bluźnierczą przewrotnością, ciemności i zaciemnienia własnego serca wszechwiedzącym Pismom Bożym”. Krótko mówiąc, Luter radził: „Jeśli tego nie rozumiecie lub nie jesteście tym przejęci, zajmijcie się swoimi sprawami i pozwólcie zrozumieć i przejąć się tym tym tym, na których Bóg położył ten ciężar.”
Ta jasność Pisma Świętego jest powodem, dla którego Luter napisał Mały Katechizm, aby pouczyć dzieci i nowych wierzących o podstawowych naukach Biblii. W rzeczywistości, ekumeniczne wyznania wiary i nowa Konfesja Augsburska, jak również Mały i Duży Katechizm Lutra, były przykładami na to, że Kościół był w stanie dojść do konsensusu w sprawie centralnych nauk Pisma Świętego bez interwencji papieża.