Zniesienie feudalizmu
Reformatorzy Meiji rozpoczęli od działań, które dotyczyły zdecentralizowanej struktury feudalnej, której przypisywali słabość Japonii. W 1869 r. władcy Satsumy, Chōshū, Tosy i Sagi zostali przekonani, by zwrócić swoje ziemie tronowi. Inni szybko poszli w ich ślady. Dwór podjął kroki w celu ujednolicenia administracji domen, mianując ich byłych daimyo gubernatorami. W 1871 roku gubernatorzy-daimyo zostali wezwani do Tokio i poinformowani, że domeny zostały oficjalnie zniesione. 250 dawnych domen stało się 72 prefekturami i trzema dystryktami metropolitalnymi, których liczba zmniejszyła się później o jedną trzecią. W procesie tym większość daimyo została odsunięta od ról administracyjnych i choć nagrodzona tytułami w nowym europejskim stylu w 1884 roku, została skutecznie odsunięta od władzy politycznej.
Przywódcy Meiji zdali sobie również sprawę, że muszą zakończyć skomplikowany system klasowy, który istniał w czasach feudalizmu. Jednak trudno było poradzić sobie z samurajami, których w 1868 r. było prawie dwa miliony, wraz z osobami pozostającymi na ich utrzymaniu. Od 1869 roku stara hierarchia została zastąpiona prostszym podziałem, który ustanawiał trzy porządki: szlachta dworska i byli panowie feudalni stali się kazoku („równi”); byli samurajowie, shizoku i wszyscy inni (w tym grupy wyrzutków) stali się teraz heimin („zwykli”). Początkowo samurajowie otrzymywali roczne emerytury, ale przymus finansowy wymusił ich zamianę w 1876 r. na zryczałtowane wypłaty w postaci oprocentowanych, ale niezamienialnych obligacji. Inne symboliczne rozróżnienia klasowe, takie jak fryzura samuraja i przywilej noszenia mieczy zostały zniesione.
Wielu byłym samurajom brakowało doświadczenia handlowego i roztrwonili swoje obligacje. Inflacja również podcięła ich wartość. Narodowy system poboru do wojska ustanowiony w 1873 roku jeszcze bardziej pozbawił samurajów ich monopolu na służbę wojskową. Niezadowolenie samurajów zaowocowało licznymi buntami, z których najpoważniejsze miały miejsce na południowym zachodzie, gdzie rozpoczął się ruch odnowy i gdzie wojownicy oczekiwali największych nagród. Powstanie w Chōshū było wyrazem niezadowolenia z działań administracyjnych, które pozbawiły samurajów ich statusu i dochodów. W Sadze samuraje domagali się zagranicznej wojny, która zapewniłaby zatrudnienie ich klasie. Ostatnia i zdecydowanie największa rewolta miała miejsce w Satsumie w 1877 roku. Rebelia ta została poprowadzona przez bohatera rekonstrukcji Saigō Takamori i trwała sześć miesięcy. Poborowe oddziały rządu cesarskiego z trudem pokonały Saigō, ale w końcu lepszy transport, nowoczesna komunikacja i lepsza broń zapewniły rządowi zwycięstwo. W tym, jak i w innych buntach, problemy były zlokalizowane, a lojalność większości mężczyzn z Satsumy w rządzie centralnym pozostała przy sprawie cesarskiej.
Badania gruntów rozpoczęto w 1873 r., aby określić ilość i wartość ziemi w oparciu o średnie plony ryżu w ostatnich latach, a podatek pieniężny w wysokości 3 procent wartości ziemi został ustanowiony. Te same badania doprowadziły do wydania świadectw własności ziemi dla rolników, którzy zostali uwolnieni od feudalnej kontroli. Środki dotyczące ziemi wiązały się z podstawowymi zmianami, a wśród rolników panowała powszechna dezorientacja i niepewność, która wyrażała się w postaci krótkotrwałych buntów i demonstracji. Ale ustanowienie własności prywatnej i środki promujące nowe technologie, nawozy i nasiona spowodowały wzrost produkcji rolnej. Podatek gruntowy, uzupełniony drukowanymi pieniędzmi, stał się głównym źródłem dochodów rządowych na kilka dekad.
Pomimo, że był pod presją pieniędzy, rząd rozpoczął program industrializacji, który był postrzegany jako niezbędny dla siły narodowej. Z wyjątkiem przemysłu wojskowego i komunikacji strategicznej, program ten był w dużej mierze w rękach prywatnych, chociaż rząd założył zakłady pilotażowe, aby zapewnić zachętę. Handel i produkcja korzystały z rosnącego rynku krajowego i bezpieczeństwa prawnego, ale nierówne traktaty zawarte z zagranicznymi potęgami uniemożliwiły ochronę przemysłu za pomocą ceł aż do 1911 roku.
W latach osiemdziesiątych XIX wieku obawy przed nadmierną inflacją skłoniły rząd do sprzedaży pozostałych zakładów prywatnym inwestorom – zazwyczaj osobom blisko związanym z rządzącymi. W rezultacie mała grupa mężczyzn zaczęła dominować w wielu gałęziach przemysłu. Wspólnie stali się oni znani jako zaibatsu, czyli kliki finansowe. Mając wielkie możliwości i niewielu konkurentów, firmy zaibatsu zaczęły dominować w każdym przedsiębiorstwie. Dzieląc podobną wizję kraju, ludzie ci utrzymywali bliskie związki z kierownictwem rządowym. Dom Mitsui, na przykład, był w przyjaznych stosunkach z wieloma oligarchami z okresu Meiji, a dom Mitsubishi został założony przez samuraja z plemienia Tosa, który był współpracownikiem osób z wewnętrznego kręgu rządu.
Równie ważny dla budowy nowoczesnego państwa był rozwój tożsamości narodowej. Prawdziwa jedność narodowa wymagała propagowania nowych lojalności wśród ogółu społeczeństwa oraz przemiany bezsilnych i nieartykułowanych chłopów w obywateli scentralizowanego państwa. Wykorzystanie religii i ideologii było kluczowe dla tego procesu. Dlatego też wczesna polityka Meiji wyniosła shintō na najwyższą pozycję w nowej hierarchii religijnej, zastępując buddyzm kultem bóstw narodowych, które wspierały tron. Chrześcijaństwo zostało niechętnie zalegalizowane w 1873 roku, ale choć ważne dla niektórych intelektualistów, było traktowane z podejrzliwością przez wielu członków rządu. Wyzwaniem pozostawało, jak wykorzystać tradycyjne wartości bez narażania się na potępienie z zagranicy, że rząd narzuca Japończykom religię państwową. W latach 90. XIX wieku system edukacji stanowił idealne narzędzie do zaszczepienia nowej orientacji ideologicznej. System powszechnej edukacji został ogłoszony w 1872 roku. Przez pewien czas jego organizacja i filozofia były zachodnie, ale w latach osiemdziesiątych XIX wieku pojawił się nowy nacisk na etykę, ponieważ rząd starał się przeciwdziałać nadmiernej zachodniej modernizacji i podążał za europejskimi ideami edukacji nacjonalistycznej. W 1890 r. Cesarski Reskrypt Edukacyjny (Kyōiku Chokugo) określił linie ideologii konfucjańskiej i shintō, które stanowiły moralną treść późniejszej japońskiej edukacji. W ten sposób lojalność wobec cesarza, obwarowana naukami konfucjańskimi i szacunkiem shintō, stała się centrum ideologii obywatelskiej. Aby uniknąć oskarżeń o indoktrynację, państwo odróżniało ten świecki kult od rzeczywistej religii, zezwalając na „wolność religijną”, ale wymagając pewnej formy kultu jako patriotycznego obowiązku wszystkich Japończyków. System edukacji był również wykorzystywany do przenoszenia na ogół obywateli ideału lojalności samurajów, który był dziedzictwem klasy rządzącej.