Análogos de prostaglandina como misoprostol são usados no tratamento de úlceras duodenais e gástricas. O misoprostol e outros análogos de prostaglandina protegem o revestimento do trato gastrointestinal do ácido estomacal nocivo e são especialmente indicados para idosos em doses contínuas de AINEs.
No campo da oftalmologia, drogas desta classe são utilizadas para baixar a pressão intra-ocular (PIO) em pessoas com glaucoma. Até o final da década de 1970, pensava-se que as prostaglandinas aumentavam a PIO, mas um artigo publicado em 1977 mostrou que a prostaglandina F2α a abaixava, e estudos posteriores descobriram que isso se devia ao aumento da saída de humor aquoso, principalmente pelo relaxamento do músculo ciliar, e possivelmente também por mudanças na matriz extracelular e pelo alargamento dos espaços dentro da malha trabecular. Este trabalho levou ao desenvolvimento de prodrugs do PGF2α, incluindo latanoprost, um análogo isopropílico do PGF2α, aprovado pelo FDA em 1996, bimatoprost e travoprost, ambos aprovados em 2001, e tafluprost, aprovado em 2012. Entretanto, existem efeitos colaterais notáveis associados ao uso, incluindo aumento do crescimento dos cílios, pigmentação da íris e escurecimento da pele ao redor dos olhos.