Charles Darwin nasceu a 12 de Fevereiro de 1809. As ligações de seu pai e um trabalho bem remunerado como médico, e a ligação de sua mãe à família Wedgwood, colocaram a família Darwin em segurança no reino dos liberais e abastados. Robert Darwin tinha quarenta e três anos quando Charles nasceu, no auge da sua reputação e energia como médico. Charles já tinha quatro irmãos mais velhos: Marianne, Caroline, Susan, e o seu irmão Erasmus. Com a febre escarlate e outras doenças no ar, a maior preocupação do lar era a saúde e o crescimento das crianças. Susannah estava a cargo da casa, das crianças e das finanças, enquanto Robert se ocupava com seus pacientes.
Charles passou seus primeiros anos em uma casa chamada The Mountin Shrewsbury, que Robert tinha construído nos primeiros anos de seu casamento com Susannah. Ele parece ter sido um filho calmo e solitário; não teve grande dificuldade em fazer amigos, mas seus melhores momentos foram gastos em caminhadas exploratórias, nas quais ele recolhia tudo o que podia encontrar.
A mãe de Charles morreu quando ele tinha apenas 8 anos. Em 1817 começou a ficar doente, com sintomas gastrointestinais que eram provavelmente um sinal de uma úlcera grave ou de câncer de estômago. Ela morreu na quinta-feira, 15 de julho de 1817. Robert dedicou-se ainda mais à sua prática médica do que antes, deixando a casa para ser dirigida principalmente pelas suas filhas mais velhas Marianne e Caroline. Robert sempre tinha sido uma presença enorme na casa quando acabou por sair do trabalho, mas tinha sido tolerável desde que o seu humor fosse bom. Agora, no entanto, ele era quase sempreirritável e deprimido. A casa permanecia confortável e bem conservada, mas sombria. Nas descrições posteriores de sua infância, Charles escreveu que se lembrava muito pouco de sua mãe, especialmente porque suas irmãs o proibiam de falar sobre ela.
Charles olhou para suas irmãs como professoras. A escola para Darwin nunca foi uma coisa alegre. Ele foi primeiro educado por Caroline, e depois passou um ano numa escola diurna em Shrewsbury. De lá ele foi enviado para a Escola Shrewsbury, a cerca de um quilômetro de TheMount, aos 8 anos de idade. A Escola Shrewsbury era um internato dirigido pelo ancião Samuel Butler que se concentrava quase exclusivamente nos clássicos, um assunto que Darwin achava quase inútil. A sua falta de interesse na escola levou os seus pais a preocuparem-se que ele não tivesse herdado a sua quota-parte da energia e inteligência de Darwin. No final da sua escolaridade, ele compensou um pouco o seu desempenho medíocre, conduzindo experiências com o seu irmão mais velho Erasmus no barracão dos fundos do Monte. Eles conduziram experiências desde 1822 até Erasmo partir para o Christ’s College, na Universidade de Cambridge, para estudar medicina. Darwin mais tarde olhou para trás, para a experiência como uma introdução inestimável à experimentação científica.
Como Darwin envelheceu, colecionar tornou-se seu maior passatempo. Ele colecionava minerais e insetos. Ele também se tornou um observador de pássaros, e gostava de caçar. Mais tarde, durante seus anos em Edimburgo, sua paixão pela caça tornou-se tão grande que seu pai teve medo de que ele se tornasse um “caçador ocioso”. Depois de matar a sua primeira narceja, ele escreveu “a minha excitação foi tão grande que tive muita dificuldade em recarregar a minha arma do tremor das minhas mãos.” A caça combinava as alegrias da colecta com a emoção da caçada. Era uma habilidade que viria a ser útil mais tarde na vida. Charles’slong, passeio solitário, começou a se tornar ainda mais longas aventuras. Viajou com seu irmão mais velho Erasmus, para o País de Gales e em visitas aos primos Wedgwood em Maer.
Aos dezesseis anos, Charles foi levado de lado pelo seu pai Robert e disse que era hora de ele mesmo fazer alguma coisa. Ele iria para a Universidade de Edimburgo, onde seu pai e seu avô haviam treinado para se tornarem médicos. Seu irmão Erasmus, que tinha estudado medicina na Universidade de Cambridge, se juntaria a ele lá.