Não há certeza sobre a causa desta doença, mas a espécie bacteriana Staphylococcus aureus tem um papel central e pode ser detectada nas lesões da maioria dos pacientes. Não está claro se outro processo principalmente estéril com colonização secundária por Staphylococcus aureus está presente, ou se o Staphylococcus aureus inicia o processo causando uma forte reação imune. Outra possibilidade é que o Staphylococcus aureus produz toxinas que agem como superantigénios que activam directamente as células T sobre o domínio variável dos receptores das células T. No entanto, o Staphylococcus aureus pode ser encontrado em quase todos os pacientes afectados por esta doença, enquanto que é detectado em apenas 20-30% das pessoas não afectadas.
Como o Staphylococcus aureus nem sempre é encontrado em pessoas que sofrem de foliculite decalvina, outros factores devem estar presentes. Através de exames em famílias verificou-se que existe uma ligação familiar com as ocorrências, o que leva a concluir que existe uma predisposição genética para a mesma; por exemplo, pacientes com foliculite decalvante poderiam ter uma abertura hereditária diferente do folículo piloso que poderia facilitar o alojamento da bactéria. Imunologicamente, outra possibilidade é que a proteína de fixação intercelular especialmente forte ICAM-1 contribui para a inflamação com seu forte efeito de atração de glóbulos brancos, como granulócitos e linfócitos.