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A história da Grande Barreira de Corais é longa e diversa, onde muitas gerações de corais construíram um habitat que acabou por ser descoberto e mais tarde colonizado pelos humanos.

A Grande Barreira de Corais é uma enorme quantidade de seres vivos extremamente antiga, composta de corais vivos crescendo em corais mortos que datam talvez de vinte milhões de anos atrás. Muitas gerações de corais mortos se construíram em grandes muros de pedra cobertos por uma gama diversa de organismos vivos como corais, algas, anêmonas, esponjas, peixes, vermes, estrelas do mar, tartarugas, moluscos, cobras, crustáceos e uma extraordinária variedade de milhares de espécies de plantas e animais.

Embora não haja evidência física direta, o primeiro contato humano com o recife deve ter ocorrido por algum tempo. Sabemos que o povo aborígine ocupou grandes partes do continente australiano por cerca de 40.000 anos. Os povos aborígenes e das Ilhas do Estreito de Torres pescaram e caçaram as suas águas e navegaram entre as ilhas da região do recife.

Durante grandes partes desse tempo, durante períodos de atividade glacial, a área da Grande Barreira de Corais era seca, com grandes planícies costeiras planas. Esta área está hoje a uma profundidade inferior a cem metros abaixo do nível do mar.

Mais informação está disponível sobre as actividades dos primeiros europeus que entraram em contacto com a costa oriental da Austrália. Quase desde a primeira, há descrições escritas da Grande Barreira de Corais por aqueles que a viram. North Queensland foi provavelmente a primeira parte do continente vista pelos europeus, mas uma das últimas a ser colonizada.

Acredita-se agora que a costa leste da Austrália foi avistada pela primeira vez por volta de 1522 por uma expedição portuguesa, provavelmente liderada por Cristovao de Mendonça. Willem Jansz, no Duyfken, por volta de Março de 1606, traçou o mapa da costa oeste da Península do Cabo York, começando quarenta anos de exploração marítima em águas australianas pelos holandeses. Mais tarde Luis de Torres avistou as ilhas do Estreito de Torres enquanto navegava de leste para oeste ao longo da costa sul da Papua.

A mais antiga evidência documental de europeus avistando a Grande Barreira de Corais foi francesa. Comandando os navios La Boudeuse e L’Etoile Em 6 de Junho de 1768, Louis de Bougainville aproximou-se da Austrália a partir de leste, encontrando Bougainville Reef perto de Cooktown. Confrontado com o surf em mar aberto, e com falta de comida, Bougainville virou para o norte em direção à Ásia ao longo da costa norte da Nova Guiné, perdendo a Austrália.

Estas primeiras vislumbres fugazes da Grande Barreira de Corais ao longo da história inicial da área foram apenas menores comparadas com o que ocorreu de Maio a Agosto de 1770, quando o Endeavour sob James Cook navegou ao longo da Grande Barreira de Corais. A maior parte da viagem foi feita bem em terra, provavelmente vendo pouco do recife. No entanto, em 11 de junho, a festa de Cook ficou intimamente familiarizada com ela quando eles atingiram Endeavour Reef, ao norte do Cabo Tribulação, e foram forçados a passar seis semanas reparando o navio em terra, no local da moderna Cooktown.

Devido a esta situação inesperada, Cook e seus cientistas, os botânicos Joseph Banks e Daniel Solander e uma equipe de quatro ilustradores, foram capazes de realizar muito pouca observação científica direta do Recife, mas como resultado da viagem de Cook, a comunidade científica internacional sabia que o Recife existia, e que era de grande extensão.

Depois de todos os reparos, Cook decidiu tentar o mar aberto, mas não conseguiu encontrar um caminho através da barreira natural. Ele navegou para norte até a Ilha Lagarto. Ao desembarcar na ilha, ele e seu botânico, Joseph Banks, subiram ao seu ponto mais alto e puderam ver uma quebra no recife suficientemente grande para permitir a passagem do Endeavour. Isto é conhecido como Cook’s Passage.

William Bligh foi o próximo navegador na história inicial da Austrália a cartografar o recife na Providência. No decorrer desta viagem do Taiti para as Índias Ocidentais, ele passou duas semanas de setembro de 1792 cartografando passagens pelo Estreito de Torres. Após o estabelecimento da colônia penal de Sydney em 1788, encontrar uma rota confiável para oeste através dos estreitos até o Mar de Arafura e estabelecer comunicação com a Ásia dependia da passagem interna a oeste do Recife.

Em 1793, mais levantamentos da seção do Estreito de Torres do Recife foram realizados pelos capitães Bampton e Alt nos navios Hormuzeer e Chesterfield. As décadas seguintes iniciaram um período de levantamentos nas águas do norte da Austrália, geralmente por pequenas embarcações navais. O objetivo desses levantamentos foi melhorar as cartas de navegação para uso do Almirantado, investigar recursos naturais para futura exploração econômica, e responder perguntas de curiosidade científica.

Entre 1801 e 1803, Matthew Flinders empreendeu a monumental tarefa de vigiar toda a costa australiana e a certa altura caminhou sobre o que ele chamou de “Barreira Extensiva de Corais”. Foi Flinders que traçou uma passagem segura, enviando pequenos barcos à frente para sondar as profundezas. Esta passagem ainda é conhecida como Flinder’s Passage.

Hydrographer Philip Parker King, comandando a Sereia em 1819 e o Bathurst em 1820, realizou pela primeira vez a tarefa metódica de cartografar com precisão grande parte do recife do norte em detalhe.

Hoje são realizados estudos a um nível muito mais próximo, examinando a composição do recife, que espécies existem, como vivem e interagem, se são resistentes ou vulneráveis à mudança. No entanto, ainda há evidências de um período anterior de descoberta evidente na Grande Barreira de Corais, com cerca de 30 naufrágios de importância histórica conhecidos.