Não confundir com um Merle duplo, o Merle críptico ou “Phantom Merle” como são apelidados, são um wild card entre as ninhadas. Em raras ocasiões, o Cryptic Merles pode nascer em uma ninhada de qualquer parentesco com o gene Merle. Os Merles crípticos são uma mutação do gene Merle e parecem um Tri preto, ou Tri vermelho, mas podem ter manchas em excesso de branco no corpo, e salpicos de merle.
Ales são apelidados de Merle Fantasma porque em alguns casos não pode haver uma coloração aparente de merle detectada e podem ser confundidos com um australiano de cor Tri. Outros Merles crípticos podem ser facilmente notados pelo excesso de manchas brancas ou maiores de Merle no casaco.
A coloração Cryptic Merle vem do gene Merle chamado SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Este gene é o que torna a pelagem Merle tão versátil e única. O comprimento do gene SINE em um cão determinará quão pequenas ou grandes serão as manchas ou manchas escuras na pelagem Merle.
Se um Merle críptico for criado para outro Merle, eles produzirão tanto os filhotes de Tri, como os de Merle. No entanto, há 3% de chance de produzir Merles duplos e os riscos associados de surdez e cegueira, e portanto, os Merles crípticos também são desencorajados a reproduzir.
Quanto mais tempo o gene SINE estiver em um cão, mais merle você verá. Enquanto quanto mais curto o gene SINE estiver num cão, o merle será menos aparente, e começará a parecer-se mais com um Tri, como se vê nas fotos abaixo, da esquerda para a direita.