Analogi de prostaglandină, cum ar fi misoprostolul, sunt utilizați în tratamentul ulcerului duodenal și gastric. Misoprostolul și alți analogi ai prostaglandinei protejează mucoasa tractului gastrointestinal de acidul gastric dăunător și sunt indicați în special pentru persoanele în vârstă care iau doze continue de AINS.
În domeniul oftalmologiei, medicamentele din această clasă sunt utilizate pentru a reduce presiunea intraoculară (PIO) la persoanele cu glaucom. Până la sfârșitul anilor 1970 se credea că prostaglandinele cresc PIO, dar o lucrare publicată în 1977 a arătat că prostaglandina F2α o scade, iar studiile ulterioare au constatat că acest lucru se datorează creșterii debitului de ieșire a umorii apoase, în principal prin relaxarea mușchiului ciliar și, posibil, și datorită unor modificări ale matricei extracelulare și lărgirii spațiilor din cadrul ochiului trabecular. Această lucrare a dus la dezvoltarea prodrogazelor de PGF2α, inclusiv latanoprost, un analog izopropilic al PGF2α, aprobat de FDA în 1996, bimatoprost și travoprost, ambele aprobate în 2001, și tafluprost, aprobat în 2012. Cu toate acestea, există efecte secundare notabile asociate cu utilizarea, inclusiv creșterea crescută a genelor, pigmentarea irisului și întunecarea pielii din jurul ochiului
.