Charles Darwin s-a născut la 12 februarie 1809. Legăturile tatălui său și slujba bine plătită de medic, precum și legătura mamei sale cu familia Wedgwood, au plasat familia Darwin în mod sigur în domeniul liberalilor și al celor înstăriți. Robert Darwin avea 43 de ani în momentul în care s-a născut Charles, la apogeul reputației și energiei sale ca medic. Charles avea deja patru frați mai mari: Marianne, Caroline, Susan și fratele său Erasmus. Cu scarlatina și alte boli în aer, principala preocupare a familiei era sănătatea și creșterea copiilor. Susannah se ocupa de casă, de copii și de finanțe, în timp ce Robert se ocupa de pacienții săi.
Charles și-a petrecut primii ani de viață într-o casă numită The Mountîn Shrewsbury, pe care Robert o construise în primii ani ai căsătoriei sale cu Susannah. Se pare că a fost un copil liniștit și solitar; nu a avut mari dificultăți în a-și face prieteni, dar cele mai bune momente ale sale au fost petrecute în plimbări exploratorii, în care aduna tot ce găsea.
Mama lui Charles a murit când el avea doar 8 ani. În 1817 a început să se îmbolnăvească, cu simptome gastrointestinale care erau probabil un semn fie al unui ulcer sever, fie al unui cancer la stomac. A murit în ziua de joi, 15 iulie 1817. Robert s-a dedicat și mai mult practicii sale medicale chiar mai mult decât o făcuse înainte, lăsând gospodăria să fie condusă în cea mai mare parte de fiicele sale mai mari, Marianne și Caroline.Robert fusese întotdeauna o prezență enormă în casă atunci când se întorcea de la serviciu la sfârșitul zilei, dar fusese tolerabil atâta timp cât starea lui de spirit era bună. Acum, însă, era aproape întotdeauna irascibil și deprimat. Casa rămânea confortabilă și bine întreținută, dar mohorâtă. În descrierile ulterioare ale copilăriei sale, Charles a scris că își amintea foarte puțin de mama sa, mai ales că surorile sale îi interziceau să vorbească despre ea.
Charles își privea surorile ca pe niște profesoare. Școala pentruDarwin nu a fost niciodată un lucru vesel. A fost educat mai întâi de Caroline,iar apoi a petrecut un an la o școală de zi din Shrewsbury. De acoloa fost trimis la Școala Shrewsbury, la aproximativ o milă distanță de TheMount, la vârsta de 8 ani. Școala Shrewsbury era un internat condus de bătrânul Samuel Butler care se axa aproape exclusiv pe clasici, o materie pe care Darwin o găsea aproape inutilă. Lipsa lui de interes pentru școală i-a făcut pe părinții săi să se îngrijoreze că nu a moștenit o parte echitabilă din energia și inteligența lui Darwin.Spre sfârșitul școlii, a compensat într-o oarecare măsură performanțele sale mediocre făcând experimente împreună cu fratele său mai mare, Erasmus, într-o magazie din spatele The Mount. Au efectuat experimente din 1822 până când Erasmus a plecat la Christ’s College, la Universitatea din Cambridge, pentru a studia medicina. Darwin și-a amintit mai târziu de această experiență ca de o introducere neprețuită în experimentarea științifică.
Cum Darwin a crescut, colecționarea a devenit principalul său hobby.a colecționat minerale și insecte. A devenit, de asemenea, un observator de păsări,și era pasionat de vânătoare. Mai târziu, în timpul anilor de la Edinburgh, pasiunea sa pentru vânătoare a devenit atât de mare încât tatăl său s-a temut că va deveni un „vânător leneș”. După ce a ucis prima sa becață, a scris: „emoția mea a fost atât de mare încât mi-a fost foarte greu să-mi reîncarc arma din cauza tremuratului mâinilor”. Vânătoarea a combinat bucuria de a colecționa cu emoția urmăririi. Era o abilitate care avea să îi fie utilă mai târziu în viață. Plimbările lungi și solitare ale lui Charles au început să devină aventuri și mai lungi. A călătorit câteodată cu fratele său mai mare, Erasmus, în Țara Galilor și în vizite la verii Wedgwood de la Maer.
La vârsta de șaisprezece ani, Charles a fost luat deoparte de tatăl său, Robert, și i s-a spus că era timpul ca el să facă ceva de unul singur. Va merge la Universitatea din Edinburgh, unde tatăl și bunicul său se pregătiseră pentru a deveni medici. Fratele săuErasmus, care studiase medicina la Universitatea din Cambridge, i se va alătura acolo.
.