Gli analoghi della prostaglandina come il misoprostolo sono usati nel trattamento delle ulcere duodenali e gastriche. Il misoprostolo e altri analoghi delle prostaglandine proteggono il rivestimento del tratto gastrointestinale dai dannosi acidi dello stomaco e sono particolarmente indicati per gli anziani che assumono dosi continue di FANS.
Nel campo dell’oftalmologia, i farmaci di questa classe sono usati per abbassare la pressione intraoculare (IOP) nelle persone con glaucoma. Fino alla fine degli anni ’70 si pensava che le prostaglandine aumentassero la IOP, ma un articolo pubblicato nel 1977 ha dimostrato che la prostaglandina F2α la abbassava, e studi successivi hanno scoperto che ciò era dovuto all’aumento del deflusso dell’umore acqueo, principalmente rilassando il muscolo ciliare, e forse anche a cambiamenti nella matrice extracellulare e all’ampliamento degli spazi all’interno della rete trabecolare. Questo lavoro ha portato allo sviluppo di prodrugs di PGF2α, tra cui latanoprost, un analogo isopropilico di PGF2α, approvato dalla FDA nel 1996, bimatoprost e travoprost, entrambi approvati nel 2001, e tafluprost, approvato nel 2012. Tuttavia, ci sono notevoli effetti collaterali associati all’uso, tra cui l’aumento della crescita delle ciglia, la pigmentazione dell’iride e l’oscuramento della pelle intorno all’occhio.