Charles Darwin nacque il 12 febbraio 1809. Le connessioni e il lavoro ben pagato del padre come medico, e le connessioni della madre con la famiglia Wedgwood, collocarono la famiglia Darwin saldamente nel regno dei liberali e benestanti. Robert Darwin aveva quarantatré anni quando nacque Charles, all’apice della sua reputazione ed energia come medico. Charles aveva già quattro fratelli maggiori: Marianne, Caroline, Susan e suo fratello Erasmus. Con la scarlattina e altre malattie nell’aria, la preoccupazione principale della famiglia era la salute e la crescita dei bambini. Susannah si occupava della casa, dei bambini e delle finanze, mentre Robert si occupava dei suoi pazienti.
Charles trascorse i suoi primi anni in una casa chiamata The Mountin Shrewsbury, che Robert aveva fatto costruire nei primi anni del suo matrimonio con Susannah. Sembra essere stato un bambino tranquillo e solitario; non aveva grandi difficoltà a farsi degli amici, ma i suoi momenti migliori li passava in passeggiate esplorative, durante le quali raccoglieva tutto ciò che trovava.
La madre di Charles morì quando lui aveva solo 8 anni. Nel 1817 cominciò ad ammalarsi, con sintomi gastrointestinali che erano probabilmente un segno di una grave ulcera o di un cancro allo stomaco. Morì giovedì 15 luglio 1817. Robert si dedicò ancora di più alla sua pratica medica rispetto a prima, lasciando che la casa fosse gestita principalmente dalle sue figlie maggiori Marianne e Caroline.Robert era sempre stato una presenza enorme in casa quando tornava dal lavoro alla fine della giornata, ma era stato tollerabile fintanto che il suo umore era buono. Ora, invece, era quasi sempre irritabile e depresso. La casa rimaneva confortevole e ben tenuta, ma tetra. Nelle successive descrizioni della sua infanzia, Charles scrisse che ricordava molto poco di sua madre, soprattutto perché le sue sorelle gli proibivano di parlare di lei.
Charles ammirava le sue sorelle come insegnanti. La scuola per Darwin non fu mai una cosa gioiosa. Fu dapprima educato da Caroline, e poi passò un anno in una scuola diurna a Shrewsbury. Da lì fu mandato alla Shrewsbury School, a circa un miglio di distanza da The Mount, all’età di 8 anni. La Shrewsbury School era un collegio gestito dall’anziano Samuel Butler che si concentrava quasi esclusivamente sui classici, una materia che Darwin trovava quasi inutile. La sua mancanza di interesse per la scuola portò i suoi genitori a preoccuparsi che non avesse ereditato la sua giusta parte dell’energia e dell’intelligenza di Darwin. Verso la fine della sua formazione scolastica compensò in parte il suo mediocre rendimento conducendo esperimenti con suo fratello maggiore Erasmus in un capannone sul retro di The Mount. Condussero esperimenti dal 1822 fino a quando Erasmus partì per il Christ’s College, all’Università di Cambridge, per studiare medicina. Darwin in seguito ripensò a quell’esperienza come un’inestimabile introduzione alla sperimentazione scientifica.
Quando Darwin crebbe, il collezionismo divenne il suo hobby principale. Divenne anche un bird-watcher ed era appassionato di caccia. Più tardi, durante gli anni di Edimburgo, la sua passione per la caccia divenne così grande che suo padre temeva che sarebbe diventato un “ozioso cacciatore”. Dopo aver ucciso il suo primo beccaccino, scrisse “la mia eccitazione era così grande che avevo molte difficoltà a ricaricare il mio fucile dal tremito delle mie mani”. La caccia combinava le gioie del collezionismo con il brivido della caccia. Era un’abilità che sarebbe tornata utile più tardi nella vita. Le lunghe passeggiate solitarie di Charles cominciarono a trasformarsi in avventure ancora più lunghe. Viaggia con il fratello maggiore Erasmus, in Galles e in visita ai cugini Wedgwood a Maer.
A sedici anni, Charles viene preso da parte da suo padre Robert e gli viene detto che è il momento di fare qualcosa di sé. Sarebbe andato all’Università di Edimburgo, dove suo padre e suo nonno avevano studiato per diventare medici. Suo fratello Erasmo, che aveva studiato medicina all’Università di Cambridge, si sarebbe unito a lui.