Non c’è certezza sulla causa di questo disturbo, ma la specie batterica Staphylococcus aureus ha un ruolo centrale e può essere rilevata nelle lesioni della maggior parte dei pazienti. Non è chiaro se sia presente un altro processo principalmente sterile con colonizzazione secondaria da parte dello Staphylococcus aureus, o se lo Staphylococcus aureus inizia il processo causando una forte reazione immunitaria. Un’altra possibilità è che lo Staphylococcus aureus produca tossine che agiscono come superantigeni che attivano direttamente le cellule T sul dominio variabile dei recettori delle cellule T. Tuttavia, lo Staphylococcus aureus può essere trovato in quasi tutti i pazienti affetti da questo disturbo, mentre è rilevato solo nel 20-30% delle persone non affette.
Poiché lo Staphylococcus aureus non si trova sempre nelle persone che soffrono di follicolite decalvante, devono essere presenti altri fattori. Attraverso esami nelle famiglie si è scoperto che c’è una connessione familiare alle occorrenze, il che porta alla conclusione che c’è una predisposizione genetica; per esempio, i pazienti con follicolite decalvante potrebbero avere una diversa apertura ereditaria del follicolo pilifero che potrebbe facilitare l’alloggio dei batteri. Immunologicamente, un’altra possibilità è che la proteina di fissazione intercellulare ICAM-1, particolarmente forte, contribuisca all’infiammazione con il suo forte effetto di attrazione dei globuli bianchi come i granulociti e i linfociti.