Charles Darwin föddes den 12 februari 1809. Hans fars kontakter och välbetalda arbete som läkare, och hans mors kontakter med familjen Wedgwood, placerade familjen Darwin säkert i den liberala och välbärgade världen. Robert Darwin var fyrtiotre när Charles föddes, på toppen av sitt rykte och sin energi som läkare. Charles hade redan fyra äldre syskon: Marianne, Caroline, Susan och hans bror Erasmus. Med scharlakansfeber och andra sjukdomar i luften var hushållets största bekymmer barnens hälsa och tillväxt. Susannah ansvarade för huset, barnen och ekonomin, medan Robert ägnade sig åt sina patienter.
Charles tillbringade sina första år i ett hus som hette The Mount i Shrewsbury, som Robert hade låtit bygga under de första åren av sitt äktenskap med Susannah. Han verkar ha varit ett lugnt och ensamt barn; han hade inga större svårigheter att skaffa sig vänner, men hans bästa tid tillbringade han på utforskande promenader, där han samlade in allt han kunde hitta.
Charles mor dog när han bara var 8 år. 1817 började han bli sjuk, med gastrointestinala symtom som troligen var ett tecken på antingen ett allvarligt magsår eller magsäckscancer. Hon dog torsdagen den 15 juli 1817. Robert ägnade sig ännu mer åt sin läkarpraktik än han hade gjort tidigare och lämnade hushållet att skötas mestadels av sina äldre döttrar Marianne och Caroline.Robert hade alltid varit en enorm närvaro i huset när han återvände från arbetet i slutet av dagen, men det hade varit uthärdligt så länge hans humör var gott. Nu var han dock nästan alltid irriterad och deprimerad. Huset förblev bekvämt och välskött, men dystert. I senare beskrivningar av sin barndom skrev Charles att han mindes mycket lite om sin mor, särskilt eftersom hans systrar förbjöd honom att tala om henne.
Charles såg upp till sina systrar som lärare. Skolan förDarwin var aldrig en glädjefylld sak. Han fick först undervisning av Caroline och tillbringade sedan ett år på en dagskola i Shrewsbury. Därefter skickades han vid åtta års ålder till Shrewsbury School, ungefär en mil från The Mount. Shrewsbury School var en internatskola som leddes av den äldre Samuel Butler och som nästan uteslutande inriktade sig på de klassiska ämnena, ett ämne som Darwin tyckte var nästan värdelöst. Hans ointresse för skolan ledde till att hans föräldrar oroade sig för att han inte hade ärvt sin beskärda del av Darwins energi och intelligens.Mot slutet av sin skolgång kompenserade han något för sina medelmåttiga prestationer genom att utföra experiment tillsammans med sin äldre bror Erasmus i ett skjul på baksidan av The Mount. De utförde experiment från 1822 till dess att Erasmus åkte till Christ’s College vid universitetet i Cambridge för att studera medicin. Darwin såg senare tillbaka på erfarenheten som en ovärderlig introduktion till vetenskapliga experiment.
När Darwin blev äldre blev samlandet hans största hobby.Han samlade mineraler och insekter. Han blev också en fågelskådare och var förtjust i jakt. Senare, under åren i Edinburgh, blev hans passion för jakt så stor att hans far var rädd att han skulle bli en ”sysslolös jaktman”. Efter att ha dödat sin första snipa skrev han att ”min upphetsning var så stor att jag hade mycket svårt att ladda om min bössa på grund av mina darrande händer”. Jakten kombinerade samlarglädjen med jaktens spänning. Det var en färdighet som skulle komma till nytta senare i livet. Charles långa, ensamma promenader började bli ännu längre äventyr. Han reste en del med sin äldre bror Erasmus, till Wales och på besök hos Wedgwoods kusiner i Maer.
Vid sexton års ålder togs Charles åt sidan av sin far Robert och fick veta att det var dags för honom att göra något av sig själv. Han skulle gå på universitetet i Edinburgh, där hans far och farfar hade utbildat sig till läkare. Hans bror Erasmus, som hade studerat medicin vid universitetet i Cambridge, skulle ansluta sig till honom där.