Det finns ingen säkerhet om orsaken till denna sjukdom, men bakteriearten Staphylococcus aureus har en central roll och kan påvisas i lesionerna hos de flesta patienter. Det är oklart om en annan primärt steril process med sekundär kolonisering av Staphylococcus aureus föreligger, eller om Staphylococcus aureus startar processen genom att orsaka en stark immunreaktion. En annan möjlighet är att Staphylococcus aureus producerar toxiner som fungerar som superantigener som direkt aktiverar T-cellerna över T-cellreceptorernas variabla domän. Icke desto mindre kan Staphylococcus aureus hittas hos nästan alla patienter som drabbas av denna sjukdom, medan den bara upptäcks hos 20-30 procent av de icke drabbade
Då Staphylococcus aureus inte alltid hittas hos personer som lider av follikulit decalvans, måste andra faktorer vara närvarande. Genom undersökningar i familjer fann man att det finns en familjekoppling till förekomsterna, vilket leder till slutsatsen att det finns en genetisk predisposition för det; till exempel kan patienter med folliculitis decalvans ha en ärftligt betingad annorlunda öppning av hårsäcken som kan underlätta för bakterierna att bo i den. Immunologiskt sett är en annan möjlighet att det särskilt starka intercellulära fixeringsproteinet ICAM-1 bidrar till inflammationen med sin starka effekt att attrahera vita blodkroppar som granulocyter och lymfocyter.