Handpollinering, även kallad mekanisk pollinering, är en teknik som kan användas för att pollinera växter när naturlig eller öppen pollinering är oönskad eller otillräcklig. Denna pollineringsmetod sker genom att man manuellt överför pollen från en växts ståndare till en annan växts pistill. Detta görs ofta med en bomullspinne eller en liten borste, men kan också göras genom att man tar bort kronbladen från en hanblomma och stryker dem mot honblommornas stämplar, eller genom att helt enkelt skaka blommorna när det gäller tvåkönade blommor, som t.ex. tomater. Vanliga skäl för att välja denna metod är bristen på pollinatörer, för att hålla kontroll över korspollinering mellan sorter som odlas tillsammans och för att skapa specifika hybrider. Exempel på detta är vaniljplantor, som transporteras till områden där dess naturliga pollinatörer inte finns, eller växter som odlas i växthus, i stadsområden eller med ett skydd för att kontrollera skadedjur, där naturliga pollinatörer inte kan nå dem. Pollinatörernas nedgång och monokulturens koncentrerade pollineringsbehov kan också vara en faktor. Detta är dock inte de enda orsakerna, och varierande tekniker för handpollinering har utvecklats för många specialgrödor. Handpollinering används t.ex. för dadelpalmer för att undvika att slösa utrymme och energi på att odla tillräckligt många hanplantor för tillräcklig naturlig pollinering. På grund av den arbetsinsats som krävs är handpollinering endast ett alternativ i liten skala och används främst av små trädgårdsodlare och ägare av enskilda plantor. Vid storskalig verksamhet, t.ex. fältgrödor, fruktodlingar eller kommersiell fröproduktion, är honungsbin eller andra pollinatörer ett effektivare sätt att hantera pollineringen. Trots detta är handpollinering en ganska utbredd metod. Päron som odlas i Hanyuan County i Kina har handpollinerats sedan 1980-talet, eftersom de inte kan pollineras med andra sorter som har olika blomningstider; dessutom kräver lössangrepp användning av många insekticidbesprutningar, vilket gör att lokala biodlare vägrar att låna ut bikupor.
.