Lake Marion skapades genom byggandet av Santee-dammen i november 1941, som var en del av det statliga el- och vattenbolaget Santee Coopers Hydroelectric and Navigation Project. Projektet omfattade även byggandet av Pinopolis-dammen (Cooper River Dam) för att skapa Lake Moultrie, omedelbart nedströms, och en avledningskanal som var sju och en halv mil lång för att förbinda de två. Detta var ett av de infrastrukturprojekt som president Franklin D. Roosevelt stödde under den stora depressionen för att skapa arbetstillfällen och investera i framtiden.
Dammen vid Wilson’s Landing är åtta mil lång och har 62 Tainter-portar. Trots sin storlek genererar Santee-dammen endast 1,92 megawatt vattenkraft. Vattenkraftsanläggningarna vid Pinopolis-dammen utformades för att producera lejonparten av energin enligt det ursprungliga systemet: den genererar cirka 128 megawatt. Som en del av en storskalig omledning och omplanering installerade United States Army Corps of Engineers 1985 vattenkraftsanläggningen St. Stephen Dam för att återta förlorad produktionskapacitet på ytterligare 84 megawatt.
Marionsjön matas av många bifloder, bland annat Wyboo Creek och Santee River, och även av ett stort antal källor, bland annat Eutaw Springs. Sjön är uppkallad efter generalen Francis Marion från det amerikanska revolutionskriget, som enligt legenden var känd som ”Swamp Fox”. Hans tidigare hem i Pond Bluff var ett av dem som översvämmades när sjön skapades.