Trypsin klyver specifikt peptidbindningar på C-terminalsidan av lysin- och argininrester, med undantag för -Arg-Pro- och -Lys-Pro-bindningar som normalt är resistenta mot proteolys. Här rapporterar vi bevis för en -Lys-Pro- tryptisk klyvning i modifierade oligotuftsinderivat, Ac-4-NH2) (1), med hjälp av högupplöst masspektrometri och HPLC som primära metoder för analys av proteolytiska reaktioner. Den proteolytiska känsligheten hos -Lys-Pro- bindningar var starkt beroende av flankerande rester, och flexibiliteten hos peptidryggraden kan vara en förutsättning för denna ovanliga klyvning. Medan -Lys-Gly-bindningar i 1 klyvs snabbt, förhindrade modifieringen av dessa Lys-rester genom att fästa en ß-amyloid(4-10)-epitop för att ge upphov till -Lys(X)-Gly-derivat klyvning av denna bindning och möjliggjorde trypsinklyvning av -Lys-Pro-bindningar, varvid denna nedbrytningsväg var oberoende av typen av Lys-Nε-sidekedjor (acetylgrupp, aminosyra, peptid). Ersättning av Lysresterna med Ala i P′2-positionerna minskade den tryptiska klyvningen, medan ersättning av den skrymmande sidokedjan med Thr i P2-positionerna kraftigt ökade klyvningen av -Lys-Pro- bindningar. Cirkulär dikroism (CD) för de modifierade oligotuftsinderivaten stämmer överens med ökad flexibilitet hos peptidryggen, vilket är en förutsättning för ökad känslighet för klyvning av -Lys-Pro–bindningar. Dessa resultat av oligotuftsinderivaten kan ha betydelse för den proteolytiska nedbrytningen av målpeptider som kräver specifika konformationella förutsättningar. Copyright © 2007 European Peptide Society och John Wiley & Sons, Ltd.
.