Prostaglandinanaloger som misoprostol används för behandling av duodenal- och magsår. Misoprostol och andra prostaglandinanaloger skyddar slemhinnan i mag-tarmkanalen från skadlig magsyra och är särskilt indicerade för äldre som står på kontinuerliga doser av NSAID.
Inom oftalmologi används läkemedel av denna klass för att sänka det intraokulära trycket (IOP) hos personer med glaukom. Fram till slutet av 1970-talet trodde man att prostaglandiner höjde IOP, men en artikel som publicerades 1977 visade att prostaglandin F2α sänkte det, och efterföljande studier visade att detta berodde på ett ökat utflöde av kammarvatten, främst genom att ciliarmuskeln slappnar av, och möjligen också på förändringar i den extracellulära matrisen och på att utrymmena i det trabekulära meshverket vidgas. Detta arbete ledde till utvecklingen av prodrugs av PGF2α, inklusive latanoprost, en isopropylanalog av PGF2α, som godkändes av FDA 1996, bimatoprost och travoprost, båda godkända 2001, och tafluprost, godkänd 2012. Det finns dock anmärkningsvärda biverkningar i samband med användningen, bland annat ökad ögonfranstillväxt, pigmentering av iris och mörkfärgning av huden runt ögat.