Feodalismens avskaffande
Meijireformatorerna började med att vidta åtgärder för att komma till rätta med den decentraliserade feodala struktur som de tillskrev Japans svaghet. År 1869 övertalades herrarna i Satsuma, Chōshū, Tosa och Saga att återlämna sina landområden till tronen. Andra följde snabbt efter. Hovet vidtog åtgärder för att standardisera förvaltningen av domänerna och utsåg deras tidigare daimyo till guvernörer. År 1871 kallades guvernör-daimyo till Tokyo och fick veta att domänerna officiellt var avskaffade. De 250 tidigare domänerna blev nu 72 prefekturer och tre storstadsdistrikt, ett antal som senare minskades med en tredjedel. Under processen lättade de flesta daimyo på sina administrativa roller, och även om de belönades med titlar i en ny europeisk stil av adelskap 1884, avlägsnades de i praktiken från den politiska makten.
Meiji-ledarna insåg också att de var tvungna att göra slut på det komplexa klassystem som hade funnits under feodalismen. Ändå var det svårt att hantera samurajerna, som med anhöriga uppgick till nästan två miljoner år 1868. Från och med 1869 ersattes den gamla hierarkin av en enklare indelning som fastställde tre ordningar: hovadelsmän och före detta feodalherrar blev kazoku (”jämlikar”); före detta samurajer, shizoku och alla andra (inklusive utstötta grupper) blev nu heimin (”gemene man”). Samurajerna fick till en början årliga pensioner, men ekonomiska svårigheter tvingade till att omvandla dessa till klumpsummor i form av räntebärande men icke-konvertibla obligationer år 1876. Andra symboliska klasskillnader som samurajernas frisyr och privilegiet att bära svärd avskaffades.
Många före detta samurajer saknade kommersiell erfarenhet och slösade bort sina obligationer. Inflationen underminerade också deras värde. Ett nationellt värnpliktssystem som infördes 1873 berövade samurajerna ytterligare deras monopol på militärtjänstgöring. Samurajernas missnöje resulterade i ett flertal revolter, varav de allvarligaste inträffade i sydväst, där restaurationsrörelsen hade startat och krigarna förväntade sig de största belöningarna. Ett uppror i Chōshū uttryckte missnöje med administrativa åtgärder som berövade samurajerna deras status och inkomster. I Saga krävde samurajerna ett utländskt krig för att ge sysselsättning åt sin klass. Det sista, och i särklass största, upproret kom i Satsuma 1877. Detta uppror leddes av restaurationshjälten Saigō Takamori och varade i sex månader. Den kejserliga regeringens värnpliktsavgifter hade svårt att besegra Saigō, men till slut säkrade överlägsna transporter, moderna kommunikationer och bättre vapen segern för regeringen. I denna, liksom i de andra revolterna, var problemen lokaliserade, och lojaliteten hos de flesta Satsuma-män i centralregeringen förblev med den kejserliga saken.
Landundersökningar påbörjades 1873 för att fastställa markens mängd och värde baserat på de senaste årens genomsnittliga risavkastning, och en monetär skatt på 3 procent av markvärdet fastställdes. Samma undersökningar ledde till certifikat om markägande för jordbrukare, som befriades från feodal kontroll. Markåtgärderna innebar grundläggande förändringar, och det rådde en utbredd förvirring och osäkerhet bland jordbrukarna som tog sig uttryck i form av kortvariga revolter och demonstrationer. Men inrättandet av privat ägande och åtgärder för att främja ny teknik, gödningsmedel och utsäde ledde till en ökning av jordbruksproduktionen. Jordskatten, som kompletterades med tryckta pengar, blev den viktigaste inkomstkällan för staten under flera decennier.
Trots att den var hårt pressad på pengar inledde regeringen ett program för industrialisering, som ansågs vara avgörande för den nationella styrkan. Med undantag för militära industrier och strategiska kommunikationer var detta program till stor del i privata händer, även om regeringen inrättade pilotanläggningar för att ge uppmuntran. Handel och tillverkning gynnades av en växande nationell marknad och rättssäkerhet, men de ojämlika fördrag som ingicks med främmande makter gjorde det omöjligt att skydda industrier med tullar förrän 1911.
På 1880-talet ledde rädslan för en alltför hög inflation till att regeringen sålde sina återstående fabriker till privata investerare – vanligen personer med nära band till makthavarna. Resultatet blev att en liten grupp män kom att dominera många industrier. Kollektivt blev de kända som zaibatsu, eller finansiella klickar. Med stora möjligheter och få konkurrenter kom zaibatsu-företagen att dominera företag efter företag. Dessa män delade en liknande vision för landet och upprätthöll nära förbindelser med regeringens ledning. Huset Mitsui, till exempel, stod på vänskaplig fot med många av Meijis oligarker, och Mitsubishi grundades av en samuraj från Tosa som hade varit en medarbetare till dem som ingick i regeringens innersta krets.
Ett lika viktigt inslag i uppbyggnaden av en modern stat var utvecklingen av den nationella identiteten. Sann nationell enhet krävde att nya lojaliteter spreds bland den allmänna befolkningen och att maktlösa och oartikulerade bönder förvandlades till medborgare i en centraliserad stat. Användningen av religion och ideologi var avgörande för denna process. Den tidiga Meijipolitiken upphöjde därför Shintō till den högsta positionen i den nya religiösa hierarkin och ersatte buddhismen med en kult av nationella gudar som stödde tronen. Kristendomen legaliserades motvilligt 1873, men även om den var viktig för vissa intellektuella behandlades den med misstänksamhet av många i regeringen. Utmaningen förblev hur man skulle använda traditionella värderingar utan att riskera utländska fördömanden om att regeringen tvingade på japanerna en statsreligion. På 1890-talet var utbildningssystemet det idealiska instrumentet för att inskärpa den nya ideologiska inriktningen. Ett system för allmän utbildning hade tillkännagivits 1872. Under en tid var dess organisation och filosofi västerländska, men under 1880-talet uppstod en ny betoning på etik när regeringen försökte motverka överdriven västerländskifiering och följde europeiska idéer om nationalistisk utbildning. År 1890 fastställdes i det kejserliga reskriptet om utbildning (Kyōiku Chokugo) linjerna för den konfucianska och Shintō-ideologin, som utgjorde det moraliska innehållet i den senare japanska utbildningen. Således blev lojaliteten mot kejsaren, som var omgärdad av konfucianska läror och Shintō vördnad, centrum för en medborgares ideologi. För att undvika anklagelser om indoktrinering gjorde staten skillnad mellan denna sekulära kult och verklig religion, och tillät ”religionsfrihet” samtidigt som den krävde en form av dyrkan som en patriotisk plikt för alla japaner. Utbildningssystemet utnyttjades också för att projicera in i medborgarna i stort det ideal av samurajlojalitet som hade varit arvet från den härskande klassen.