Kryptiska Merle eller ”Phantom Merle”, som de kallas, är inte att förväxla med Double Merle och är en joker bland kullarna. Vid sällsynta tillfällen kan Cryptic Merle födas i en kull av vilken föräldraskap som helst med Merle-genen. Cryptic Merles är en mutation av Merle-genen och ser ut som en Tri black eller Tri red men kan ha överflödiga vita fläckar på kroppen och stänk av merle.
De har fått smeknamnet Phantom Merle eftersom det i vissa fall inte går att upptäcka någon uppenbar merlefärgning och de kan misstas för en Tri colored Aussie. Andra Cryptic Merles kan lätt uppmärksammas på överflödigt vitt eller större fläckar av Merle på pälsen.
Cryptic Merle-färgningen kommer från Merle-genen som kallas SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Denna gen är det som gör Merle-pälsen så mångsidig och unik. Längden på SINE-genen hos en hund avgör hur små eller stora de mörka fläckarna eller patcherna blir på Merle-pälsen.
Om en Cryptic Merle paras med en annan Merle kommer de att producera både Tri, och Merle valpar. Det finns dock en risk på 3 % att de producerar dubbla Merles med tillhörande risker för dövhet och blindhet, och därför avråds även Cryptic Merles från att avla.
Desto längre SINE-genen finns i en hund, desto mer Merle kommer man att se. Medan ju kortare SINE-genen är hos en hund, kommer merle att vara mindre tydlig, och kommer att börja se mer ut som en Tri, vilket syns på bilderna nedan från vänster till höger.