Además de la fermentación, existen otras formas de fabricar aminoácidos, como la reacción enzimática, la extracción y la síntesis.
En el proceso de reacción enzimática, se utilizan uno o dos tipos de enzimas para convertir un precursor de aminoácidos en el aminoácido adecuado. En este método no es necesario multiplicar los microorganismos convirtiendo el aminoácido específico, y no hay un largo proceso a partir de la glucosa. El proceso de reacción enzimática es ideal si la sustancia precursora tiene un bajo coste.
Los aminoácidos pueden producirse descomponiendo las proteínas, lo que se conoce como método de extracción. Sin embargo, la cantidad de aminoácidos en la proteína de origen limita la cantidad de aminoácidos producidos. La extraccion no es buena para hacer cantidades masivas de aminoacidos especificos.
La sintesis utiliza reacciones quimicas para hacer aminoacidos, y fue ampliamente utilizada en el desarrollo temprano de las formas de hacer aminoacidos. El problema de la síntesis es que las reacciones químicas producen cantidades iguales de L- y D-aminoácidos. Como resultado, los D-aminoácidos que se producen deben convertirse en L-aminoácidos. Este método, más costoso, requiere pasos de procesamiento y equipos adicionales, por lo que se fue eliminando gradualmente de la producción. Sin embargo, todavía se utiliza para fabricar glicina, que no se presenta en formas D- y L-, y para aminoácidos en los que no hay diferencia si son formas D- o L- cuando se utilizan.
La ventaja de la fermentación es que nos permite fabricar cantidades masivas de aminoácidos a bajo coste con instalaciones relativamente pequeñas. El uso de la fermentación para fabricar aminoácidos ha contribuido al crecimiento del mercado de los aminoácidos. En la década de 1960, la fabricación de glutamato pasó de la extracción a la fermentación y la fabricación de otros aminoácidos le siguió sucesivamente.