アミノ酸の作り方には、発酵のほかに、酵素反応、抽出、合成などがあります。
酵素反応の工程では、1～2種類の酵素を使ってアミノ酸前駆体を正しいアミノ酸に変化させることができます。 この方法では、特定のアミノ酸を変換するために微生物を増殖させる必要がなく、グルコースから始まる長い工程もない。 酵素反応法は、前駆物質が安価である場合に適している。
アミノ酸は、抽出法と呼ばれるタンパク質を分解して作る方法もある。 しかし、原料のタンパク質に含まれるアミノ酸の量が、作られるアミノ酸の量を制限する。 抽出法は特定のアミノ酸を大量に作るのには向いていない。
合成法は化学反応を利用してアミノ酸を作る方法で、アミノ酸を作る方法の開発初期には広く利用されていた。 合成の問題点は、化学反応によってL-アミノ酸とD-アミノ酸が等量になることです。 そのため、作られたD-アミノ酸をL-アミノ酸にする必要がある。 そのため、この方法の方がコストが高く、余計な加工工程や設備が必要になるため、徐々に生産が停止していきました。 しかし、D型とL型が存在しないグリシンや、使うときにD型でもL型でも違いがないアミノ酸を作るときには、今でも使われています。
発酵のメリットは、比較的小さな設備で、低コストで大量のアミノ酸を作ることができることです。 発酵を利用してアミノ酸を作ることで、アミノ酸市場の拡大が図られてきました。 1960年代には、グルタミン酸の製造が抽出から発酵に移行し、他のアミノ酸の製造も相次いで行われました
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