Ud over fermentering er der andre måder at fremstille aminosyrer på, f.eks. ved enzymatisk reaktion, ekstraktion og syntese.
I den enzymatiske reaktionsproces bruges en eller to typer enzymer til at omdanne en aminosyreforløber til den rigtige aminosyre. I denne metode er der ikke behov for at formere mikroorganismer ved at omdanne den specifikke aminosyre, og der er ingen lang proces, der starter fra glukose. Den enzymatiske reaktionsproces er ideel, hvis prækursorstoffet har en lav pris.
Aminosyrer kan fremstilles ved at nedbryde proteiner, kendt som ekstraktionsmetoden. Mængden af aminosyrer i kildeproteinet begrænser dog mængden af de fremstillede aminosyrer. Ekstraktion er ikke god til at fremstille massemængder af specifikke aminosyrer.
Syntese bruger kemiske reaktioner til at fremstille aminosyrer og var meget anvendt i den tidlige udvikling af metoder til at fremstille aminosyrer. Problemet med syntese er, at kemiske reaktioner laver lige store mængder L- og D-aminosyrer. Som følge heraf skal de D-aminosyrer, der fremstilles, derefter omdannes til L-aminosyrer. Denne dyrere metode kræver derfor ekstra forarbejdningstrin og udstyr, og derfor blev den gradvist udfaset af produktionen. Den anvendes dog stadig til fremstilling af glycin, som ikke forekommer i D- og L-form, og til aminosyrer, hvor der ikke er forskel på, om de er D- eller L-former, når de anvendes.
Førdelen ved fermentering er, at den giver mulighed for at fremstille store mængder aminosyrer til en lav pris med relativt små anlæg. Ved at bruge fermentering til at fremstille aminosyrer har man været med til at øge markedet for aminosyrer. I 1960’erne skiftede fremstillingen af glutamat fra ekstraktion til fermentering, og fremstillingen af andre aminosyrer fulgte i kølvandet.