Kromě fermentace existují i další způsoby výroby aminokyselin, například enzymatickou reakcí, extrakcí a syntézou.
Při enzymatické reakci se k přeměně prekurzoru aminokyseliny na správnou aminokyselinu používá jeden nebo dva typy enzymů. Při této metodě není třeba množit mikroorganismy přeměnou konkrétní aminokyseliny a neprobíhá dlouhý proces počínaje glukózou. Proces enzymatické reakce je ideální, pokud má prekurzor látky nízkou cenu.
Aminokyseliny lze vyrábět rozkladem bílkovin, tzv. extrakční metodou. Množství aminokyselin ve zdrojové bílkovině však omezuje množství vyrobených aminokyselin. Extrakce není vhodná pro výrobu masového množství specifických aminokyselin.
Syntéza využívá k výrobě aminokyselin chemické reakce a byla široce využívána v počátcích vývoje způsobů výroby aminokyselin. Problémem syntézy je, že chemickými reakcemi vzniká stejné množství L- a D-aminokyselin. V důsledku toho se z vyrobených D-aminokyselin musí následně vyrobit L-aminokyseliny. Tato nákladnější metoda proto vyžaduje další zpracovatelské kroky a zařízení, a proto byla postupně vyřazena z výroby. Stále se však používá pro výrobu glycinu, který se nevyskytuje ve formě D- a L-, a pro aminokyseliny, u nichž není rozdíl, zda jsou při použití ve formě D- nebo L-.
Výhodou fermentace je, že nám umožňuje vyrábět masová množství aminokyselin při nízkých nákladech s relativně malým zařízením. Použití fermentace k výrobě aminokyselin pomohlo růstu trhu s aminokyselinami. V 60. letech 20. století se výroba glutamátu přesunula z extrakce na fermentaci a postupně následovala výroba dalších aminokyselin.