Les espèces d’Hypericum ont un port assez variable, se présentant sous forme d’arbres, d’arbustes, d’annuelles et de vivaces. Les arbres, au sens de plantes ligneuses à tige unique, sont rares, car la plupart des espèces ligneuses ont plusieurs tiges issues d’une seule base. Les arbustes ont des tiges érigées ou étalées mais ne s’enracinent jamais à partir de nœuds qui touchent le sol. Cependant, les herbes vivaces ont tendance à s’enraciner à partir de ces nœuds horizontaux, en particulier celles qui se trouvent dans des habitats humides. Les herbes annuelles ont tendance à avoir des racines pivotantes avec un système développé de racines capillaires secondaires. De nombreuses espèces d’Hypericum sont complètement glabres, d’autres ont des poils simples uniseriates, et certaines espèces ont des poils longs et fins.
Deux types de glandes forment les motifs punctiformes caractéristiques d’Hypericum, les « glandes sombres » et les « glandes pâles ». Les glandes sombres sont constituées de grappes de cellules d’une couleur noire à rougeâtre distincte. Leur teinte indique la présence de naphtodianthrone, soit de l’hypericine ou de la pseudohypéricine, soit les deux. Ces glandes sont présentes dans environ deux tiers des sections de Hypericum et sont généralement limitées à certains organes. Lorsque ces glandes sont écrasées, les naphtodianthrones donnent une coloration rouge. Paracelse appelait les sécrétions rouges « Johannes-blut » au XVIe siècle, associant la plante au martyr Saint-Jean et donnant lieu aux noms communs anglais et allemands de « millepertuis ». Les glandes pâles, formant les points pellucides, sont chacune un espace intracellulaire schizogène tapissé de cellules aplaties qui sécrètent des huiles et des dérivés du phloroglucinol, dont l’hyperforine. La distribution de ces glandes à hyperforine dissuade les herbivores généralistes de se nourrir sur les plantes. Lorsque les insectes généralistes se nourrissent d’Hypericum perforatum, 30 à 100 % plus de naphtodianthrones sont produits, repoussant les insectes.
Les quatre fines crêtes de tissus le long des tiges sont proches des feuilles opposées-décussées d’Hypericum. Les crêtes peuvent être mineures, étant simplement appelées « crêtes », ou proéminentes, étant appelées « ailes ». Des tiges térébrées, à deux ou six lignes peuvent se produire occasionnellement. Lorsqu’une espèce a un port d’arbre ou d’arbuste, les entre-nœuds deviennent le plus souvent térébrés avec l’âge, bien que certaines traces de lignes puissent encore être détectées dans les plantes matures. Le nombre de lignes est une caractéristique distinctive importante ; par exemple, H. perforatum et Hypericum maculatum sont facilement confondus sauf que H. perforatum a deux lignes et H. maculatum en a quatre. Les glandes claires et foncées sont présentes sur les tiges de diverses espèces, et d’autres espèces diverses ont des tiges sans glandes. Dans la section Hypericum, les glandes ne sont présentes que sur les lignes de la tige, et dans d’autres sections, y compris Origanifolia et Hirtella, les glandes sont réparties sur les tiges.
Presque toutes les feuilles des espèces Hypericum sont disposées de manière opposée et décussée, une exception étant la section Coridium dans laquelle des verticilles de trois à quatre feuilles se produisent. Les feuilles n’ont pas de stipules et peuvent être sessiles ou brièvement pétiolées, bien que de longs pétioles existent dans les sections Adenosepalum et Hypericum. L’articulation basale peut être présente, auquel cas les feuilles sont caduques au-dessus de l’articulation, ou absente, auquel cas les feuilles sont persistantes. Certaines espèces des sections Campylosporus et Brathys ont une base de feuille réflexe en forme d’auricule, alors que les véritables auricules n’existent que dans les sections Drosocarpium, Thasia et Crossophyllum. La nervation laminaire est très variable, allant de dichotomique à pennée à densément réticulée. Les feuilles sont généralement de forme ovoïde, allongée ou linéaire. Les feuilles sont généralement plus courtes que les entre-nœuds. Des glandes pâles ou sombres peuvent être présentes sur ou près du bord de la feuille et sur la surface principale de la feuille.
Typiquement, il y a quatre ou cinq sépales, bien que dans la section Myriandra, il y en ait rarement trois. Lorsque cinq sépales sont présents, ils sont quinconces, et lorsque quatre sépales sont présents, ils sont opposés et décussés. Les sépales peuvent être égaux ou inégaux. Les sépales peuvent être unis à leur base, comme on le voit dans les sections Hirtella, Taeniocarpium et Arthrophyllum. Les marges sont variables, avec des glandes marginales, des dents ou des poils. La présence ou l’absence de glandes sombres sur les sépales est une caractéristique distinctive utile.
Presque tous les pétales de Hypericum sont jaunes, bien qu’il existe une gamme de couleurs allant d’une teinte citronnée pâle à un jaune orangé profond. Les exceptions comprennent les pétales blancs ou rosés de Hypericum albiflorum var. albiflorum et H. geminiflorum. De nombreuses espèces ont des pétales qui sont bordés ou teintés de rouge, y compris les pétales cramoisis profonds de H. capitatum var. capitatum. Les longueurs des pétales peuvent être égales ou inégales. Les pétales sont le plus souvent asymétriques, sauf ceux des sections Adenotrias et Elodes. Dans ces deux sections, des corps stériles se sont développés entre les fascicules des étamines, fonctionnant comme des lodicules pour écarter les pétales de la fleur pseudotubulaire, un mécanisme de pollinisation spécialisé. Presque toutes les espèces ont des glandes sur leurs pétales ; seule la section Adenotrias a des pétales complètement eglandulaires. On a émis l’hypothèse que l’intensité du rouge sur les pétales est corrélée à la teneur en hypericine des glandes, mais d’autres pigments, y compris des dérivés de la skyrine, peuvent créer une couleur rouge.
Les fleurs d’Hypericum ont quatre ou cinq fascicules qui ont, au total, cinq à deux cents étamines. Les fascicules peuvent être libres ou fusionnés de diverses manières, souvent en trois fascicules apparents. Dans les sections Myriandra, Brathys, et certaines de Trigynobrathys, les étamines forment un anneau. Bien que les étamines soient généralement persistantes, certaines sont caduques. Les étamines ont une glande d’anthère sur le tissu conjonctif, dont la couleur varie de l’ambre au noir.
Les ovaires sont trois ou cinq-mères, occasionnellement deux-mères, avec un nombre correspondant de styles libres ou unis. Les graines en développement sont portées par des placentas axiles ou pariétaux, avec au moins deux ovules par placenta. Les fruits d’Hypericum sont différents de ceux de la plupart des Hypericaceae, étant capsulaires et déhiscents à partir de l’apex. La capsule peut être sèche ou rester charnue à maturité. Les capsules ont des glandes allongées ou ponctuées sur leur surface qui créent des formes et des motifs variés. Ces glandes sont généralement de couleur ambre pâle, bien que dans la section Drosocarpium les glandes soient rouge-noir. Des extractions de ces glandes chez certaines espèces ont donné du phloroglucinol et des dérivés terpénoïdes, suggérant un lien entre ces glandes et les glandes pâles des tissus végétatifs. Les graines des espèces Hypericum sont petites et leur couleur varie du brun jaunâtre au brun violacé foncé. Les graines sont cylindriques à ellipsoïdes et peuvent avoir des ailes étroites. Dans certaines graines, une crête basale peut être présente, et rarement dans la section Adenotrias une caroncule apicale est présente qui attire les fourmis pour disperser les graines. Certaines espèces ont des exigences très spécifiques en matière de conditions de germination et de survie. Par exemple, H. lloydii est sensible à une infection fongique en tant que semis si les conditions sont trop humides, alors que d’autres espèces, y compris H. chapmanii, peuvent se développer sous l’eau.