Las especies de Hypericum son muy variables en cuanto a su hábito, presentándose como árboles, arbustos, plantas anuales y perennes. Los árboles en el sentido de plantas leñosas de un solo tallo son raros, ya que la mayoría de las especies leñosas tienen múltiples tallos que surgen de una sola base. Los arbustos tienen tallos erguidos o extendidos, pero nunca tienen raíces en los nodos que tocan el suelo. Sin embargo, las hierbas perennes tienden a enraizar desde estos nodos horizontales, especialmente las que se dan en hábitats húmedos. Las hierbas anuales suelen tener raíces pivotantes con un sistema desarrollado de raíces pilosas secundarias. Muchas especies de Hypericum son completamente glabras, otras tienen pelos simples uniseriados y algunas especies tienen pelos largos y finos.
Dos tipos de glándulas forman los patrones puntiformes característicos de Hypericum, «glándulas oscuras» y «glándulas pálidas». Las glándulas oscuras consisten en grupos de células con un color claramente negro a rojizo. Su tonalidad es indicativa de la presencia de naftodiantrona, ya sea hipericina o pseudohipericina, o ambas. Estas glándulas aparecen en aproximadamente dos tercios de las secciones de Hypericum y suelen estar restringidas a ciertos órganos. Cuando estas glándulas se aplastan, las naftodiantronas dan una mancha roja. En el siglo XVI, Paracelso llamó a las secreciones rojas «Johannes-blut», relacionando la planta con el mártir San Juan y dando lugar a los nombres comunes inglés y alemán de «hierba de San Juan». Las glándulas pálidas, que forman los puntos pelúcidos, son cada una un espacio intracelular esquizoide revestido de células aplanadas que secretan aceites y derivados del cloroglucinol, incluida la hiperforina. La distribución de estas glándulas de hipericina disuade a los herbívoros generalistas de alimentarse de las plantas. Cuando los insectos generalistas se alimentan de Hypericum perforatum, se produce un 30-100% más de naftodiantronas, lo que repele a los insectos.
Las cuatro crestas finas de tejido a lo largo de los tallos están muy cerca de las hojas opuestas-decusadas de Hypericum. Las crestas pueden ser menores, llamándose simplemente «crestas», o prominentes, llamándose «alas». Ocasionalmente pueden aparecer tallos tereteados, con dos líneas y con seis líneas. Cuando una especie tiene un hábito arbóreo o arbustivo, los entrenudos se vuelven mayoritariamente terete con la edad, aunque todavía se puede detectar algún rastro de líneas en las plantas maduras. El número de líneas es una característica distintiva importante; por ejemplo, H. perforatum e Hypericum maculatum se confunden fácilmente, salvo que H. perforatum tiene dos líneas y H. maculatum cuatro. Las glándulas pálidas y oscuras están presentes en los tallos de varias especies, y otras diversas especies tienen tallos sin glándulas. En la sección Hypericum, las glándulas sólo están presentes en las líneas del tallo, y en otras secciones, incluyendo Origanifolia e Hirtella, las glándulas están distribuidas a través de los tallos.
Casi todas las hojas de las especies de Hypericum están dispuestas de forma opuesta y decusada, siendo una excepción la sección Coridium en la que se producen verticilos de tres a cuatro hojas. Las hojas carecen de estípulas y pueden ser sésiles o brevemente pecioladas, aunque existen pecíolos largos en las secciones Adenosepalum e Hypericum. La articulación basal puede estar presente, en cuyo caso las hojas son caducas por encima de la articulación, o ausente, en cuyo caso las hojas son persistentes. Algunas especies de las secciones Campylosporus y Brathys tienen una base de la hoja similar a una aurícula, reflejada, mientras que las verdaderas aurículas sólo existen en las secciones Drosocarpium, Thasia y Crossophyllum. La venación laminar es muy variable, siendo de dicotómica a pinnada a densamente reticulada. Las hojas son típicamente de forma ovoide a alargada a lineal. Las hojas suelen ser más cortas que los entrenudos. Puede haber glándulas pálidas u oscuras en o cerca del margen de la hoja y en la superficie de la hoja principal.
Típicamente hay cuatro o cinco sépalos, aunque en la sección Myriandra raramente hay tres. Cuando hay cinco sépalos son quincunciales, y cuando hay cuatro sépalos son opuestos y decusados. Los sépalos pueden ser iguales o desiguales. Los sépalos pueden estar unidos en su base, como se observa en las secciones Hirtella, Taeniocarpium y Arthrophyllum. Los márgenes son variables, teniendo glándulas marginales, dientes o pelos. La presencia o ausencia de glándulas oscuras en los sépalos es una característica distintiva útil.
Casi todos los pétalos de Hypericum son amarillos, aunque existe una gama de color que va desde un tono limón pálido hasta un amarillo anaranjado intenso. Las excepciones incluyen los pétalos blancos o rosados de Hypericum albiflorum var. albiflorum y H. geminiflorum. Muchas especies tienen pétalos bordeados o teñidos de rojo, incluidos los pétalos de color carmesí intenso de H. capitatum var. capitatum. La longitud de los pétalos puede ser igual o desigual. Los pétalos son en su mayoría asimétricos, excepto los de las secciones Adenotrias y Elodes. En esas dos secciones, se han desarrollado cuerpos estériles entre los fascículos de los estambres, que funcionan como lodículas para extender los pétalos de la flor pseudotubular, un mecanismo de polinización especializado. Casi todas las especies tienen glándulas en sus pétalos; sólo la sección Adenotrias tiene pétalos completamente eglandulares. Se ha planteado la hipótesis de que la intensidad del rojo en los pétalos está correlacionada con el contenido de hipericina de las glándulas, pero otros pigmentos, incluidos los derivados de la skirina, pueden crear un color rojo.
Las flores de Hypericum tienen cuatro o cinco fascículos que tienen, en total, de cinco a doscientos estambres. Los fascículos pueden estar libres o fusionados de varias maneras, a menudo en tres fascículos aparentes. En las secciones Myriandra, Brathys y algunas de Trigynobrathys, los estambres forman un anillo. Aunque los estambres suelen ser persistentes, algunos son caducos. Los estambres tienen una glándula antera en el tejido conectivo, que varía en color desde el ámbar hasta el negro.
Los ovarios son de tres o cinco meros, ocasionalmente de dos, con un número correspondiente de estilos libres o unidos. Las semillas en desarrollo nacen en placentas axilares o parietales, con al menos dos óvulos por placenta. Los frutos de Hypericum son diferentes a los de la mayoría de las hipericáceas, ya que son capsulares y dehiscentes desde el ápice. La cápsula puede estar seca o permanecer carnosa al madurar. Las cápsulas tienen glándulas alargadas o punteadas en su superficie que crean diversas formas y patrones. Estas glándulas son típicamente de color ámbar pálido, aunque en la sección Drosocarpium las glándulas son de color negro rojizo. Las extracciones de estas glándulas en ciertas especies han dado lugar a derivados de cloroglucinol y terpenoides, lo que sugiere una conexión entre estas glándulas y las glándulas pálidas del tejido vegetativo. Las semillas de las especies de Hypericum son pequeñas y su color varía entre el marrón amarillento y el marrón violáceo oscuro. Las semillas son de cilíndricas a elipsoides y pueden tener alas estrechas. En algunas semillas puede haber una cresta basal y, raramente, en la sección Adenotrias hay una carúncula apical que atrae a las hormigas para dispersar las semillas. Algunas especies tienen requisitos muy específicos de germinación y condiciones de supervivencia. Por ejemplo, H. lloydii es susceptible de sufrir una infección fúngica como plántula si las condiciones son demasiado húmedas, mientras que otras especies, incluida H. chapmanii, pueden crecer bajo el agua.