一般論として、ほとんどの医師は新生児マルファン症候群を、出生時に顕著な外見的特徴を持ち、さらにごく初期の乳児期に著しい心血管（心臓）障害を持つ子どもを指す言葉として使っています。
特に顕著な特徴としては、長い四肢と指、関節の弛緩と拘縮、深くセットされ下向きに傾いた目や皺のある耳を持つ特徴的な顔貌、緩んで余った皮膚、哺乳不良、呼吸困難、角膜肥大または緑内障、および心筋がうまく絞れない（心不全）原因となる僧帽弁および／または三尖弁からの重度の脱出と漏れなどがよく挙げられます。
その他、胸郭変形（胸のへこみや突き出し）、側湾症（背中の曲がり）、近視、大動脈基部拡張（拡大）、眼球レンズ脱臼など、軽度のマルファン症候群の典型的な所見が見られることもあります。
新生児マルファン症候群は、スペクトルの最悪の端であり、新生児マルファン患者の中でも、特徴の組み合わせと個々の構成要素の重症度によって、重症度に幅がある。 多くの医師が、新生児マルファン症候群を個別の臨床的実体と考えるのではなく、マルファン症候群の臨床スペクトルの重度末端を表現するために使用している。 マルファン症候群の家族歴がある、あるいは小児科医が優秀であるなどの理由で早期に診断され、重症化することはないため、新生児期にマルファン症候群と診断されたからといって、この名称を使用しないように注意する必要がある。