Den gamle hinduistiske by Goa, hvoraf knap et fragment er bevaret, blev bygget på det sydligste punkt på øen Goa. Byen var berømt i den tidlige hinduistiske legende og historie; i puranerne og forskellige inskriptioner optræder dens navn som Gove, Govapuri og Gomant. De middelalderlige arabiske geografer kendte den som Sindabur eller Sandābūr, og portugiserne kaldte den Velha Goa. Den blev regeret af Kadamba-dynastiet fra det 2. århundrede e.Kr. til 1312 og af muslimske invasioner fra Deccan fra 1312 til 1367. Byen blev derefter annekteret af det hinduistiske kongerige Vijayanagar og blev senere erobret af Bahmanī-sultanatet, som grundlagde Old Goa på øen i 1440.
Med underopdelingen af Bahmanī-kongedømmet efter 1482 overgik Goa til Yūsuf ʿĀdil Khan, den muslimske konge af Bijapur, som var dens hersker, da søfarende fra Portugal først nåede Indien. Byen blev angrebet i marts 1510 af portugiserne under Afonso de Albuquerque. Byen overgav sig uden kamp, og Albuquerque gik ind i den i triumf.
Tre måneder senere vendte Yūsuf ʿĀdil Khan tilbage med 60.000 tropper, tvang passagen af vadestedet frem og blokerede portugiserne i deres skibe fra maj til august, hvor slutningen af monsun-sæsonen gjorde det muligt for dem at sætte til søs. I november vendte Albuquerque tilbage med en større styrke og efter at have overvundet en desperat modstand genindtog han byen, dræbte alle muslimer og udnævnte en hindu, Timoja, til guvernør i Goa.
Goa var portugisernes første territoriale besiddelse i Asien. Albuquerque og hans efterfølgere lod næsten uberørte skikke og forfatninger i de 30 landsbyfællesskaber på øen, idet de kun afskaffede ritualet suttee (sati, at enker ofres på deres mænds ligbål).
Goa blev hovedstad for hele det portugisiske imperium i Asien. Den fik de samme borgerlige privilegier som Lissabon og nåede højdepunktet af sin velstand mellem 1575 og 1600. Hollændernes indtog i de indiske farvande fremskyndede Goas nedgang. I 1603 og 1639 blev byen blokeret af hollandske flåder, men aldrig erobret, og i 1635 blev den hærget af en epidemi. I 1683 reddede en mogulhær den fra at blive indtaget af Maratha-raidere, og i 1739 blev hele territoriet igen angrebet af Marathas og blev kun reddet af den uventede ankomst af en ny portugisisk vicekonge med en flåde.
Regeringssædet blev flyttet til Mormugão (nu Marmagao) og i 1759 til Panjim (eller New Goa; nu Panaji). Koleraepidemier var en af de vigtigste årsager til, at indbyggerne flyttede fra det gamle Goa til Panjim. Mellem 1695 og 1775 faldt befolkningen i Old Goa fra 20.000 til 1.600 indbyggere, og i 1835 var byen kun beboet af nogle få præster, munke og nonner.
I løbet af det 19. århundrede var de vigtigste begivenheder, der påvirkede bebyggelsen, dens midlertidige besættelse af briterne i 1809 som følge af Napoleon I’s invasion af Portugal, grev de Torres Novas’ guvernørperiode (1855-64), som indviede en lang række forbedringer, og de militære oprør i anden halvdel af århundredet. Den mest bemærkelsesværdige af disse oprør var opstanden den 3. september 1895, som nødvendiggjorde udsendelse af en ekspeditionsstyrke fra Portugal. Infante (portugisisk prins) Affonso Henriques, duque de Porto, ledsagede denne ekspedition og udøvede guvernørens beføjelser fra marts til maj 1896.
Da Indien opnåede uafhængighed i 1947, gjorde det krav på Goa i 1948 og 1949, og Portugal kom under stigende pres for at afstå Goa og sine andre besiddelser på subkontinentet til Indien. I midten af 1954 erobrede goanske nationalister de portugisiske enklaver Dadra og Nagar Haveli og etablerede en pro-indisk administration. En anden krise opstod i 1955, da satyagrahis (ikkevoldelige modstandere) fra Indien forsøgte at trænge ind på Goas territorium. I første omgang blev satyagrahierne deporteret, men senere, da et stort antal forsøgte at krydse grænserne, greb de portugisiske myndigheder til magt, hvilket resulterede i mange tabte. Dette førte til, at de diplomatiske forbindelser mellem Portugal og Indien blev afbrudt den 18. august 1955. Spændingerne mellem de to lande nåede deres højdepunkt den 18. december 1961, da indiske tropper støttet af flåde- og luftstyrker invaderede og besatte Goa, Daman og Diu. Alle tre territorier blev efterfølgende en del af Indien. Goa blev en stat i 1987.
Sudhir Vyankatesh Wanmali