Goan saaren eteläisimpään kärkeen rakennettiin muinainen hindukaupunki Goa, josta tuskin on säilynyt palasia. Kaupunki oli kuuluisa varhaisessa hindulaisessa legendassa ja historiassa; Puranoissa ja erilaisissa kirjoituksissa sen nimi esiintyy niminä Gove, Govapuri ja Gomant. Keskiaikaiset arabialaiset maantieteilijät tunsivat sen nimellä Sindabur tai Sandābūr, ja portugalilaiset kutsuivat sitä nimellä Velha Goa. Sitä hallitsi Kadamba-dynastia 2. vuosisadalta eaa. vuoteen 1312 ja Dekkaanin muslimihallitsijat vuosina 1312-1367. Sen jälkeen kaupunki liitettiin Vijayanagarin hindulaiseen kuningaskuntaan, ja myöhemmin sen valloitti Bahmanīn sulttaanikunta, joka perusti saarelle Vanhan Goan vuonna 1440.
Bahmanīn valtakunnan jakautuessa vuoden 1482 jälkeen Goa siirtyi Bijapurin muslimikuninkaan Yūsuf ʿĀdil Khanin valtaan, joka oli sen hallitsija, kun Portugalista tulleet merimiehet saapuivat ensimmäisen kerran Intiaan. Portugalilaiset hyökkäsivät kaupunkiin maaliskuussa 1510 Afonso de Albuquerquen johdolla. Kaupunki antautui ilman taistelua, ja Albuquerque tunkeutui sinne voitokkaasti.
Kolme kuukautta myöhemmin Yūsuf ʿĀdil Khan palasi 60 000 sotilaan kanssa, pakotti kulkemaan kulkuväylän läpi ja saartoi portugalilaiset laivoillaan toukokuusta elokuuhun, jolloin monsuunikauden loppu mahdollisti merelle lähtemisen. Marraskuussa Albuquerque palasi suurempien joukkojen kanssa ja voitettuaan epätoivoisen vastarinnan valloitti kaupungin takaisin, tappoi kaikki muslimit ja nimitti hindun, Timojan, Goan kuvernööriksi.
Goa oli portugalilaisten ensimmäinen aluevaltaus Aasiassa. Albuquerque ja hänen seuraajansa jättivät saaren 30 kyläyhteisön tavat ja perustuslain lähes koskemattomiksi ja poistivat vain suttee-riitin (sati; leskien uhraaminen miehensä hautajaispaikalle).
Goasta tuli koko Aasian portugalilaisen imperiumin pääkaupunki. Sillä oli samat kansalaisoikeudet kuin Lissabonilla, ja se saavutti vaurautensa huipun vuosina 1575-1600. Hollantilaisten ilmaantuminen Intian vesille nopeutti Goan taantumista. Vuosina 1603 ja 1639 hollantilaiset laivastot saartoivat kaupungin, mutta eivät koskaan valloittaneet sitä, ja vuonna 1635 epidemia runteli kaupunkia. Vuonna 1683 mogulien armeija pelasti sen marathalaishyökkääjien valtaukselta, ja vuonna 1739 marathalaiset hyökkäsivät jälleen koko alueelle, ja sen pelasti vain uuden portugalilaisen varakuninkaan odottamaton saapuminen laivaston kanssa.
Hallituksen kotipaikka siirrettiin Mormugãoon (nyk. Marmagao) ja vuonna 1759 Panjimiin (tai Uusi Goa; nyk. Panaji). Koleraepidemiat olivat yksi tärkeimmistä syistä asukkaiden muuttoon Vanhasta Goasta Panjimiin. Vuosien 1695 ja 1775 välillä Vanhan Goan väkiluku väheni 20 000:sta 1 600:aan; vuonna 1835 kaupungissa asui vain muutama pappi, munkki ja nunna.
Merkittäviä 1800-luvun tapahtumia, jotka vaikuttivat asutukseen, olivat brittiläisten väliaikainen miehitys vuonna 1809 Napoleon I:n Portugaliin tekemän hyökkäyksen seurauksena, kreivi de Torres Novasin kuvernöörikaudet (1855-64), jolloin hän käynnisti lukuisia parannuksia, sekä vuosisadan jälkipuoliskon sotilaalliset kapinat. Merkittävin näistä kapinoista oli 3. syyskuuta 1895 tapahtunut kapina, jonka vuoksi Portugalista oli lähetettävä sotaretkikunta. Infante (portugalilainen prinssi) Affonso Henriques, duque de Oporto, oli mukana tässä retkikunnassa ja käytti kuvernöörin valtuuksia maaliskuusta toukokuuhun 1896.
Kun Intia itsenäistyi vuonna 1947, se esitti vaatimuksia Goalle vuosina 1948 ja 1949, ja Portugaliin kohdistui yhä enemmän painostusta luovuttaa Goa ja muut sen omistamat maa-alueet Intialle. Vuoden 1954 puolivälissä Goan nationalistit valtasivat portugalilaiset Dadran ja Nagar Havelin erillisalueet ja perustivat Intian-myönteisen hallinnon. Toinen kriisi koettiin vuonna 1955, kun Intiasta tulleet satyagrahit (väkivallattomat vastustajat) yrittivät tunkeutua Goan alueelle. Aluksi satyagrahit karkotettiin, mutta myöhemmin, kun suuri joukko yritti ylittää rajan, Portugalin viranomaiset turvautuivat voimakeinoihin, mikä johti moniin uhreihin. Tämä johti diplomaattisuhteiden katkaisemiseen Portugalin ja Intian välillä 18. elokuuta 1955. Maiden väliset jännitteet kärjistyivät 18. joulukuuta 1961, kun intialaiset joukot merivoimien ja ilmavoimien tuella valtasivat ja miehittivät Goan, Damanin ja Diun. Kaikista kolmesta alueesta tuli sittemmin osa Intiaa. Goasta tuli osavaltio vuonna 1987.
Sudhir Vyankatesh Wanmali