Käymisen lisäksi on muitakin tapoja valmistaa aminohappoja, kuten entsymaattinen reaktio, uuttaminen ja synteesi.
Ensymaattisessa reaktioprosessissa käytetään yhtä tai kahta entsyymityyppiä muuttamaan aminohappojen esiaste oikeaksi aminohapoksi. Tässä menetelmässä ei tarvita mikro-organismien lisääntymistä muuntamalla tietty aminohappo, eikä glukoosista alkavaa pitkää prosessia. Entsymaattinen reaktioprosessi on ihanteellinen, jos lähtöaine on edullinen.
Aminohappoja voidaan valmistaa hajottamalla proteiineja, jota kutsutaan uuttomenetelmäksi. Lähtöproteiinin aminohappojen määrä kuitenkin rajoittaa valmistettavien aminohappojen määrää. Uuttomenetelmä ei ole hyvä tiettyjen aminohappojen massamäärien valmistamiseen.
Synteesi käyttää kemiallisia reaktioita aminohappojen valmistamiseen, ja sitä käytettiin laajalti aminohappojen valmistustapojen varhaisessa kehittämisessä. Synteesin ongelmana on, että kemiallisissa reaktioissa valmistetaan yhtä paljon L- ja D-aminohappoja. Tämän seurauksena valmistetuista D-aminohapoista on sitten valmistettava L-aminohappoja. Tämä kalliimpi menetelmä vaatii siis ylimääräisiä käsittelyvaiheita ja -laitteita, joten se poistettiin vähitellen tuotannosta. Sitä käytetään kuitenkin edelleen glysiinin valmistukseen, jota ei esiinny D- ja L-muodossa, sekä sellaisten aminohappojen valmistukseen, joita käytettäessä ei ole eroa sillä, ovatko ne D- vai L-muodossa.
Käymisen etuna on se, että sen avulla voidaan valmistaa suuria määriä aminohappoja alhaisin kustannuksin suhteellisen pienillä laitteilla. Käymisen käyttäminen aminohappojen valmistukseen on auttanut kasvattamaan aminohappomarkkinoita. Glutamaatin valmistus siirtyi 1960-luvulla uuttamisesta fermentointiin, ja muiden aminohappojen valmistus seurasi peräkkäin.