Juan Bautista de Anza föddes i Fronteras i Nya Spanien i juli 1736 som son till en militär. Han tog värvning i armén 1752 och tjänstgjorde vid den norra gränsen i Sonora.
Anza var också inblandad i de militära kampanjerna mot apacherna i det som nu är känt som Arizona. Han nådde rang av kapten 1760. Året därpå gifte han sig med dottern till den spanske gruvägaren Francisco Pérez Serrano.
Vicekonung Antonio María de Bucareli bad Juan Bautista de Anza att utforska landet norr om Nya Spanien. Den 8 januari 1774 lämnade han Tubac tillsammans med franciskanermissionären Francisco Garcés och 34 soldater. Kevin Starr, författaren till California (2005), har hävdat följande: ”Kapten Anza – en långvarig veteran från gränstjänsten med ett utmärkt rykte – gav sig av från presido i Tubac, söder om den nuvarande staden Tucson, med 34 soldater och en franciskanare, Francisco Garcés, som själv var en erfaren upptäcktsresande.”
Den 5 februari anlände han till Taxco de Alarcón: Vi kom till Taxco de Cabo de la Arco, i Cado de la Taxo de la Arco, i Cado de la Taxo de la Arco, i Cado de la Taxo de la Taxo de la Taxo de la Taxo de la Arco. Här lyckades vi med stor svårighet endast vattna hästarna och mulorna, för på grund av att flödet minskade och av den stora olägenheten kunde boskapen inte vattnas före skymningen, så detta lämnades till morgondagen.”
Anza fick hjälp av Salvador Palma, en medlem av Quechan-stammen. Han lämnade dock expeditionen den 13 februari eftersom han inte ville gå in på sina fienders territorium: ”Efter att flera gånger ha bett mig om ursäkt för att han inte kunde följa med mig framåt eftersom vi redan befann oss i sina fienders land, kunde han, när han sa adjö till mig, inte låta bli att gråta, och medan de övriga sa adjö till honom grät han. Detta agerande framstår för mig som det starkaste beviset och som det mest lovvärda hos en hednisk indian och hos en klass av människor bland vilka en sådan sak inte görs ens vid förlust av barn och släktingar.”
Den 10 april skrev han: ”Klockan nio i dag gav jag mig iväg från San Gabriel-missionen, och i väst-nordvästlig riktning färdades jag fyra mil, så långt som till Porciúncula-floden; jag följde denna flod i ytterligare två mil, och den återstående sträckan, upp till fjorton mil, färdades i västlig riktning, och jag färdades fram till vespern.” Anza nådde Mission San Gabriel den 22 mars 1774. Han marscherade sedan norrut till Monterey innan han återvände till Tubac. Som Kevin Starr har påpekat: ”Under en heroisk vandring hade Anza kopplat samman Kalifornien över land med norra Nya Spanien.”
Antonio María de Bucareli var imponerad av Anzas prestationer och befordrade honom till överstelöjtnant. Bucareli ville etablera ytterligare en spansk bosättning i San Francisco. Den 26 juli 1775 skickade han Juan de Ayala, kapten på San Carlos, för att utforska San Francisco-området till sjöss. Han nådde San Franciscobukten den 5 augusti.
Bucareli kom fram till att Anza var den bästa mannen att leda landstigningspartiet till San Franciscobukten. Han fick tillstånd att kolonisera San Francisco Bay-området. Han rekryterade kolonister bland de fattiga i Culiacan. Expeditionen lämnade Tubac den 23 oktober 1775 med 245 personer (varav 155 kvinnor och barn), 340 hästar, 165 packmullor och 302 nötkreatur som avelsdjur. Pedro Font, en franciskanerpräst, valdes ut för att följa med expeditionen på grund av sin expertis inom navigation.
Anzas expedition begav sig norrut längs Santa Cruz-floden och anlände till Tucson den 26 oktober. De följde sedan Gila-floden västerut för att komma fram till Coloradofloden och en återförening med hövdingen Salvador Palma och medlemmar av Quechan-stammen den 28 november. Efter att ha korsat Coloradofloden delade expeditionen upp sig i tre grupper så att alla kunde dricka från de långsamt fyllda vattenhålen i öknen. Efter att ha korsat Sonoranöknen nådde de Yuha Wells den 11 december.
Efter att ha upplevt en märklig snöstorm i öknen som resulterade i att en del av deras boskap dog, begav de sig uppför Coyote Canyon och passerade San Carlos-passet den 26 december. De nådde Mission San Gabriel den 4 januari. Sedan de lämnade Culiacan hade de rest i över åtta månader. Anza hade lyckats föra sin expedition genom 1 800 mil öken vildmark.
Den 17 februari 1776 påbörjade Anza och hans expedition sin marsch norrut och nådde Monterey den 10 mars. Anza anlände till Kalifornien med två personer mer än vad han hade lämnat landet med. Tre barn föddes på vägen, en kvinna dog i samband med förlossningen. Medan kolonisterna stannade kvar i Monterey gick José Joaquín Moraga och Pedro Font samt en liten grupp soldater i förväg. Den 28 mars nådde de halvöns spets (som nu heter Fort Point) där Anza planterade ett kors som betecknade den plats där han ansåg att presidiet skulle byggas. Fader Font skrev i sin dagbok samma kväll: ”Jag tror att om det kunde bli väl bosatt som i Europa skulle det inte finnas något vackrare i hela världen.”
Rand Richards, författaren till Historic San Francisco (1991) har påpekat: ”Medan platsen för presido var perfekt på grund av sitt strategiska värde, var den vindpinade, steniga avsatsen mindre än idealisk för en missionssättning. Så nästa dag, efter att ha utforskat ytterligare, kom det lilla bandet fram till en skyddad dal fem kilometer inåt land i sydost. Här var jorden och klimatet bättre och det fanns rikligt med färskvatten från en bäckmatad lagun.”
Anza återvände till Nya Spanien och lämnade kvar José Joaquín Moraga för att etablera den spanska bosättningen i området. Den 17 juni lämnade kolonisterna Monterey för att ansluta sig till Moraga i San Francisco. Mission San Francisco de Asís, en kyrka av stock och halm, stod klar den 29 juni 1776. Uppdraget bestod av adobe och redwood och var 144 fot långt och 22 fot brett. Francisco Palóu, en tidigare elev till fader Junipero Serra, fick ansvaret för uppdraget som hade tillägnats San Francisco de Asís. Det låg ungefär tre mil från Golden Gate. De omgivande husen, en pueblo, blev kända som Yerba Buena. Det fick sitt namn efter en doftande myntaört som växte vilt i området.
Spanjorerna byggde också en presido i San Francisco. Enligt Tracy Salcedo-Chouree, författare till California’s Missions and Presidios (2005): ”Presidio San Francisco började ungefär som andra spanska bosättningar – ett kluster av hyddor av buskar och tulehyttor omgivna av en palissad som enligt en historiker hyste ett fyrtiotal soldater och nästan 150 bosättare. Inom några år skulle Adobe ersätta trä och lera med ett kapell, ett vakthus, officersbostäder, kaserner, lagerlokaler och andra byggnader som bildade ett torg som skyddades av en försvarsmur.”
Den 24 augusti 1777 utnämnde Vicekungen av Nya Spanien Anza till guvernör för provinsen Nuevo México. Han organiserade ett fälttåg mot comancherna och ledde en styrka på cirka 800 spanska trupper som stöddes av hjälptrupper från Ute, Apache och Pueblo och vann en berömd militär seger över hövdingen Cuerno Verde i september 1779.
Den spanska regeringen var angelägen om att etablera en landförbindelse mellan Kalifornien och Nya Spanien och behövde etablera en närvaro för att skydda den punkt där resenärerna skulle passera Coloradofloden. I januari 1781 grundade fader Francisco Garcés, med stöd av Juan Bautista de Anza, mission San Pedro y San Pablo de Bicuñer. Men till skillnad från de uppdrag som Junipero Serra grundade låg förvaltningsbefogenheterna hos militären och inte hos pastorerna, vilket resulterade i att soldaterna misshandlade de lokala indianerna. De spanska kolonisatörerna anklagades också för att ha lagt beslag på de bästa markerna i området. Detta orsakade konflikter med indianerna.
Sommaren 1781 ryckte Fernando Rivera Moncada och en liten grupp soldater fram genom öknen med en stor hjord djur, uppskattningsvis nästan 1 000 till antalet. Den 17 juli, när Rivera och hans män slog läger vid Colorados stränder nära Yuma, dödades de av en överraskningsattack från Quechan-stammen. De fortsatte sedan med att döda Francisco Garcés och de andra missionärerna vid Mission San Pedro y San Pablo de Bicuñer. Uppdraget återupprättades aldrig och landvägen till Alta California ansågs för fientlig för att användas och övergavs därför.
Juan Bautista de Anza dog den 19 december 1788.